RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP33.02■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 TECPR2O15040 1411 aa33.02■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 CFAP70Q5T0N1 1121 aa32.99■■■□□ 2.87
CLN3-232ENST00000568443 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP32.99■■■□□ 2.87
CLN3-232ENST00000568443 MYOM2P54296 1465 aa32.98■■■□□ 2.87
CLN3-232ENST00000568443 NRXN1Q9ULB1 1477 aa32.97■■■□□ 2.87
CLN3-232ENST00000568443 ESCO1Q5FWF5 840 aa32.95■■■□□ 2.87
CLN3-232ENST00000568443 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP32.95■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 ZNF772Q68DY9 489 aaPredicted RBP32.94■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa32.94■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 SIRT1Q96EB6 747 aa32.93■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 KNDC1Q76NI1 1749 aa32.93■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa32.93■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP32.92■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 PNPLA6Q8IY17 1366 aa32.92■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2FA1L443 756 aa32.9■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa32.9■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 LAMC1P11047 1609 aa32.9■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 DCAF11Q8TEB1 546 aa32.89■■■□□ 2.86
CLN3-232ENST00000568443 NPHP3Q7Z494 1330 aa32.85■■■□□ 2.85
CLN3-232ENST00000568443 STAC3Q96MF2 364 aa32.85■■■□□ 2.85
CLN3-232ENST00000568443 FOXO3O43524 673 aa32.83■■■□□ 2.85
CLN3-232ENST00000568443 PRAM1Q96QH2 718 aa32.82■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 AFF2P51816 1311 aa32.81■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 C8orf37Q96NL8 207 aa32.81■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP32.8■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 POGKQ9P215 609 aa32.8■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 ADAMTS2O95450 1211 aa32.78■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP32.77■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 FMN2Q9NZ56 1722 aa32.77■■■□□ 2.84
CLN3-232ENST00000568443 RXRBP28702 533 aa32.75■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 NGLY1Q96IV0 654 aa32.75■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 TRAK1Q9UPV9 953 aa32.75■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 DLC1Q96QB1 1528 aa32.73■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 PXDNQ92626 1479 aa32.73■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 ADGRB1O14514 1584 aa32.72■■■□□ 2.83
CLN3-232ENST00000568443 QTRT2Q9H974 415 aaKnown RBP32.68■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 PHF8Q9UPP1 1060 aa32.68■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 KRT28Q7Z3Y7 464 aa32.67■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP32.66■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 KIF1AQ12756 1690 aa32.66■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 RGPD8O14715 1765 aaPredicted RBP32.65■■■□□ 2.82
CLN3-232ENST00000568443 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP32.63■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP32.63■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa32.62■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 PSME1Q06323 249 aa32.62■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 RBM6P78332 1123 aaKnown RBP32.61■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 USP21Q9UK80 565 aa32.61■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 FNBP4Q8N3X1 1017 aaPredicted RBP32.58■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP32.58■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 ANKARQ7Z5J8 1434 aa32.58■■■□□ 2.81
CLN3-232ENST00000568443 ADGRB2O60241 1585 aa32.57■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa32.56■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 WASLO00401 505 aaPredicted RBP32.55■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP32.55■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 TRPC5Q9UL62 973 aaPredicted RBP32.54■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 USP32Q8NFA0 1604 aa32.51■■■□□ 2.8
CLN3-232ENST00000568443 LMOD2Q6P5Q4 547 aa32.51■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 TNS3Q68CZ2 1445 aa32.5■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 SBNO1A3KN83 1393 aa32.49■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP32.49■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 PRR36Q9H6K5 1346 aa32.48■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF28Q8N1W1 1705 aaKnown RBP32.47■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP32.47■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP32.47■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 TULP4Q9NRJ4 1543 aa32.46■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa32.46■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHG5O94827 1062 aa32.46■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 NBPF1Q3BBV0 1214 aa32.46■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 RGS12O14924 1447 aa32.45■■■□□ 2.79
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF10O15013 1369 aa32.45■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 GPRASP1Q5JY77 1395 aa32.45■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 CABLES1Q8TDN4 633 aa32.44■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP32.43■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 ATRNO75882 1429 aa32.43■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 BCL9LQ86UU0 1499 aa32.42■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 L3MBTL2Q969R5 705 aa32.42■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 SIN3AQ96ST3 1273 aa32.42■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP32.4■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 CDK19Q9BWU1 502 aa32.4■■■□□ 2.78
CLN3-232ENST00000568443 NEUROD1Q13562 356 aa32.38■■■□□ 2.77
CLN3-232ENST00000568443 UNC5CLQ8IV45 518 aa32.37■■■□□ 2.77
CLN3-232ENST00000568443 GJD4Q96KN9 370 aaPredicted RBP32.35■■■□□ 2.77
CLN3-232ENST00000568443 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP32.34■■■□□ 2.77
CLN3-232ENST00000568443 SLIT2O94813 1529 aa32.34■■■□□ 2.77
CLN3-232ENST00000568443 ATP7BP35670 1465 aa32.32■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 TRPM3Q9HCF6 1732 aaPredicted RBP32.31■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 ITSN1Q15811 1721 aa32.31■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 CCDC61Q9Y6R9 512 aa32.3■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP32.29■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 TNKS1BP1Q9C0C2 1729 aaKnown RBP32.29■■■□□ 2.76
CLN3-232ENST00000568443 FAM83GA6ND36 823 aa32.26■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 ATAD2Q6PL18 1390 aa32.26■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 ALS2Q96Q42 1657 aa32.26■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 ABCA3Q99758 1704 aa32.26■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP32.25■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 ACEP12821 1306 aa32.23■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 RALGAPBQ86X10 1494 aa32.23■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHG3A1L390 1219 aa32.22■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 VPS72Q15906 364 aa32.22■■■□□ 2.75
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