RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000549143.5

CS-215, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 2,811 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-215	ENST00000549143	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.3	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	FKBP8	Q14318	412 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	11.29	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		11.29	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	ABCC11	Q96J66	1382 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	NLRP1	Q9C000	1473 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		11.27	□□□□□ -0.6
CS-215	ENST00000549143	NEFL	P07196	543 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		11.27	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143		A0A1W2PP64	1363 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	C3	P01024	1663 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	MTHFS	P49914	203 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	MYOM1	P52179	1685 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	FBLN1	P23142	703 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	FYB1	O15117	783 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	KCNA6	P17658	529 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	TBX22	Q9Y458	520 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CS-215	ENST00000549143	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	PTPRU	Q92729	1446 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	APAF1	O14727	1248 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	NME9	Q86XW9	330 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	NUDC	Q9Y266	331 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	SOX12	O15370	315 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	SIRT1	Q96EB6	747 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	C14orf37	Q86TY3	774 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	CFAP53	Q96M91	514 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	DLC1	Q96QB1	1528 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	SLIT1	O75093	1534 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	TECPR2	O15040	1411 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	HSPA2	P54652	639 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	ACE	P12821	1306 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CS-215	ENST00000549143	MED14	O60244	1454 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	NSD2	O96028	1365 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	PLEKHG5	O94827	1062 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	COG3	Q96JB2	828 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	POLK	Q9UBT6	870 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	PDE3B	Q13370	1112 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	CPS1	P31327	1500 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	ATP7B	P35670	1465 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	GOLGA2	Q08379	1002 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CS-215	ENST00000549143	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63

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