RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	RTT105	P40063	208 aa		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	CDC123	Q05791	360 aa		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	DGA1	Q08650	418 aa		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	SPT3	P06844	337 aa		-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	TCA17	P32613	152 aa		-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	NTF2	P33331	125 aa	Known RBP	-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	DCV1	P43595	202 aa		-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	UBC12	P52491	188 aa		-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	PRP11	Q07350	266 aa	Predicted RBP	-0.78	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	IDH1	P28834	360 aa	Known RBP RIP-Chip data	-0.79	□□□□□ -2.54	not detected
VAR1	Q0140	YLR173W	Q06247	608 aa		-0.79	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	YPR013C	Q12145	317 aa		-0.79	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	YIL177C	P40434	1758 aa		-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	YJL225C	P40889	1758 aa		-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	KSS1	P14681	368 aa		-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	FAR7	P43592	221 aa		-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	YJR111C	P47148	283 aa	Known RBP	-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	FYV12	Q08559	129 aa		-0.8	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	URA6	P15700	204 aa		-0.81	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	AIM25	P47140	327 aa		-0.81	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	KRE28	Q04431	385 aa		-0.81	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	HFA1	P32874	2273 aa		-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	RPB3	P16370	318 aa	Known RBP	-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	OM45	P16547	393 aa		-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	FIT1	Q04433	528 aa		-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	CDC28	P00546	298 aa	Known RBP	-0.83	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	MRPL25	P23369	157 aa		-0.83	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	MRPL50	P53724	139 aa		-0.84	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	RNH202	Q05635	350 aa		-0.84	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	TAR1	Q8TGM6	124 aa		-0.84	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	YFR032C-B	Q8TGU2	87 aa		-0.84	□□□□□ -2.54
VAR1	Q0140	PTM1	P32857	523 aa		-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	APS1	P35181	156 aa		-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	PAN3	P36102	679 aa	Predicted RBP	-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	AST2	P39945	430 aa	Known RBP	-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	ALB1	P47019	175 aa	Predicted RBP	-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	THG1	P53215	237 aa	Known RBP	-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	PAM18	Q07914	168 aa		-0.85	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	MAK5	P38112	773 aa	Predicted RBP	-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	LIA1	P47120	325 aa	Known RBP	-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	YGR050C	P53231	118 aa		-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	RRN5	Q02983	363 aa		-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	RMD6	P39975	231 aa		-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	YNL134C	P53912	376 aa	Known RBP	-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	FYV6	P53913	173 aa		-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	IRC23	Q08416	157 aa		-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	ARO7	P32178	256 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	YJR015W	P47090	510 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	BXI1	P48558	297 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	GET1	P53192	235 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	VPS71	Q03433	280 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	YOL107W	Q12239	342 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	MED4	Q12343	284 aa		-0.88	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	RPO26	P20435	155 aa		-0.89	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	TMA23	Q03525	211 aa		-0.89	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	YHR213W-B	Q8TGK1	99 aa		-0.89	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	-0.89	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	ATG31	Q12421	196 aa		-0.9	□□□□□ -2.55
VAR1	Q0140	CKS1	P20486	150 aa	Known RBP	-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	SFK1	P35735	353 aa		-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	BRR6	P53062	197 aa		-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	SEY1	Q99287	776 aa		-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	PHO85	P17157	305 aa		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	HHY1	P39982	102 aa		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	BNA6	P43619	295 aa		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	-0.93	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	ELP6	Q04868	273 aa		-0.93	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	RRP36	Q12481	300 aa	Predicted RBP	-0.93	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	YHR214C-E	Q8TGK0	99 aa		-0.93	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	SEC4	P07560	215 aa	Known RBP	-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	YOL013W-A	P0C272	63 aa	Predicted RBP	-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	YCR001W	P25347	104 aa		-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	MGA1	P53050	456 aa		-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	GSP2	P32836	220 aa	Known RBP	-0.96	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	HNT1	Q04344	158 aa	Known RBP	-0.96	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	JLP1	Q12358	412 aa		-0.96	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	YNG1	Q08465	219 aa		-0.97	□□□□□ -2.56
VAR1	Q0140	OCH1	P31755	480 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	LDB7	P38210	180 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	NOP19	P53317	196 aa	Predicted RBP	-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	COG5	P53951	403 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	YDC1	Q02896	317 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	YMR295C	Q03559	197 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	GET4	Q12125	312 aa		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	SSO1	P32867	290 aa		-0.99	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	MIC26	P50087	233 aa		-0.99	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	PST2	Q12335	198 aa	Known RBP	-0.99	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	MAG1	P22134	296 aa	Known RBP	-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	RPC17	P47076	161 aa		-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	ALG13	P53178	202 aa		-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	PET191	Q02772	108 aa		-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	KAP95	Q06142	861 aa	Known RBP	-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	KEI1	Q06346	221 aa		-1	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	ETR1	P38071	380 aa		-1.01	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	UPS1	Q05776	175 aa		-1.01	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	YCR090C	P25654	182 aa	Known RBP	-1.02	□□□□□ -2.57
VAR1	Q0140	SBH2	P52871	88 aa		-1.02	□□□□□ -2.57

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