RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000519895.5

MCF2-208, Transcript of MCF.2 cell line derived transforming sequence, human

APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC

Gene MCF2, Length 3,346 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MCF2-208	ENST00000519895	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		4.7	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	KCNQ2	O43526	872 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	MLEC	Q14165	292 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		4.69	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ABCC1	P33527	1531 aa		4.68	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		4.68	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ZMYM3	Q14202	1370 aa		4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	NLRP1	Q9C000	1473 aa		4.67	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	USP32	Q8NFA0	1604 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ADCY9	O60503	1353 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	MYOM1	P52179	1685 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	ABCC5	O15440	1437 aa		4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	LAMC1	P11047	1609 aa		4.65	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		4.65	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		4.65	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
MCF2-208	ENST00000519895	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		4.65	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	SNX27	Q96L92	541 aa		4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ABCA6	Q8N139	1617 aa		4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ATP10D	Q9P241	1426 aa		4.64	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	KCNH8	Q96L42	1107 aa		4.62	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ABHD8	Q96I13	439 aa		4.62	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		4.62	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ZBTB22	O15209	634 aa		4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	GLI3	P10071	1580 aa		4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		4.61	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	MSH6	P52701	1360 aa		4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	SLAIN2	Q9P270	581 aa		4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	CEP162	Q5TB80	1403 aa		4.6	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	PREX2	Q70Z35	1606 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	A2M	P01023	1474 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	CLIP1	P30622	1438 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	ABCA3	Q99758	1704 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	FSTL1	Q12841	308 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		4.59	□□□□□ -1.67
MCF2-208	ENST00000519895	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		4.59	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	NBPF14	Q5TI25	921 aa		4.59	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	PLSCR2	Q9NRY7	297 aa		4.59	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		4.59	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	TMEM94	Q12767	1356 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	COL26A1	Q96A83	441 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	USP21	Q9UK80	565 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	SLIT1	O75093	1534 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		4.58	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	TOMM70	O94826	608 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	PLCH2	O75038	1416 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	GRIN3B	O60391	1043 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	MIA2	Q96PC5	1412 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	PLA2G5	P39877	138 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	LHX8	Q68G74	356 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	MEGF6	O75095	1541 aa		4.57	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	KIF3C	O14782	793 aa		4.56	□□□□□ -1.68
MCF2-208	ENST00000519895	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68

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