RNA–Protein interactions for RNA: YKL054C

DEF1, Transcript of RNAPII degradation factor, yeast

Gene DEF1, Length 2,217 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
DEF1	YKL054C	YPL257W	Q08974	193 aa		4.89	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	HHF1	P02309	103 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	UBI4	P0CG63	381 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	FCY2	P17064	533 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SPL2	P38839	148 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	ATG18	P43601	500 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RNH201	P53942	307 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RPS1A	P33442	255 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PRY2	P36110	329 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	TIM8	P57744	87 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	MAK3	Q03503	176 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	VHS1	Q03785	461 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YDR249C	Q03787	373 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	GPI17	Q04080	534 aa		4.88	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RPO41	P13433	1351 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CDC7	P06243	507 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SCO1	P23833	295 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YNL010W	P53981	241 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RMI1	Q02685	241 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	ELP3	Q02908	557 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	MRX11	Q03079	207 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SHH4	Q06236	168 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	MRPS28	P21771	286 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	EDC2	P40023	145 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YIL152W	P40455	235 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CLD1	P53264	445 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	DID2	P69771	204 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YDR124W	Q04608	324 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	MDM32	Q12171	622 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	Q0144	Q9ZZW2	109 aa		4.87	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CCH1	P50077	2039 aa		4.86	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CPR1	P14832	162 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CAT5	P41735	233 aa		4.86	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	WSC2	P53832	503 aa		4.86	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PTM1	P32857	523 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YKL102C	P34249	101 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RRG9	P40156	214 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CRH1	P53301	507 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	GOT1	Q03554	138 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SNF4	P12904	322 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CSE2	P33308	149 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	CSG2	P35206	410 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	GLC8	P41818	229 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SOL1	P50278	321 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PST2	Q12335	198 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	HMS1	Q12398	434 aa		4.85	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	IPP1	P00817	287 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SIR2	P06700	562 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	IMP1	P28627	190 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	TVP38	P36164	337 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YGP1	P38616	354 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	PAL1	Q05518	499 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	NEJ1	Q06148	342 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	HRD1	Q08109	551 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	YBL008W-A	Q3E821	79 aa		4.84	□□□□□ -1.63
DEF1	YKL054C	RPL25	P04456	142 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	CPR4	P25334	318 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	RMD6	P39975	231 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	IRC22	P40006	225 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YND1	P40009	630 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	PLP1	Q04004	230 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	PRR2	Q12310	699 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YBL112C	Q3E7Y4	105 aa		4.84	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	TAF2	P23255	1407 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	BGL2	P15703	313 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YER186C	P40101	306 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	PHB1	P40961	287 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	ALB1	P47019	175 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YGL101W	P53144	215 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	MRX8	Q05473	314 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	SUE1	Q06524	206 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	DGA1	Q08650	418 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YPR011C	Q12251	326 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	NAG1	Q8TGN9	163 aa		4.83	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	CDC8	P00572	216 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	EFM1	P38732	585 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	HMF1	P40037	129 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	RPA43	P46669	326 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	FMP48	P53233	369 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	ACT1	P60010	375 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	UBC7	Q02159	165 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	IES4	Q08561	116 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	TIM22	Q12328	207 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	MPD1	Q12404	318 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	RPL2A	P0CX45	254 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	RPL2B	P0CX46	254 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	SCL1	P21243	252 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	SUA7	P29055	345 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YNL208W	P40159	199 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	PGA1	P53896	198 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	IMP4	P53941	290 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	EMI1	Q04406	187 aa		4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	RRG7	Q08774	242 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	MBF1	O14467	151 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	CPR5	P35176	225 aa		4.81	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	ORM1	P53224	222 aa		4.81	□□□□□ -1.64
DEF1	YKL054C	YDR476C	Q03362	224 aa		4.81	□□□□□ -1.64

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