RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	GOT1	Q03554	138 aa		-0.04	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	MGR3	Q04472	501 aa		-0.04	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	SSA3	P09435	649 aa	Known RBP	-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YSR3	P23501	404 aa		-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	MRX3	P38172	270 aa		-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	LOC1	P43586	204 aa	Predicted RBP	-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	MRH4	P53166	561 aa		-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	MPP6	P53725	186 aa	Predicted RBP	-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YNL260C	P53846	198 aa		-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	ANT1	Q06497	328 aa		-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	SYC1	Q08553	188 aa	Predicted RBP	-0.05	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	RNA15	P25299	296 aa	Predicted RBP	-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	MEI4	P29467	408 aa		-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YNL217W	P40152	326 aa		-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	LSB1	P53281	241 aa		-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	PRO2	P54885	456 aa	Known RBP	-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YPL257W	Q08974	193 aa		-0.06	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	ACC1	Q00955	2233 aa	Known RBP	-0.07	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	TVP38	P36164	337 aa		-0.07	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	DSN1	P40568	576 aa		-0.07	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YPR147C	Q06522	304 aa	Known RBP	-0.08	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YCT1	Q12235	531 aa		-0.08	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	RPL27B	P0C2H7	136 aa	Known RBP	-0.09	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YPT52	P36018	234 aa	Known RBP	-0.09	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	GAA1	P39012	614 aa		-0.09	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	YPR172W	Q06608	200 aa		-0.09	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	SNF8	Q12483	233 aa		-0.09	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	RRF1	P38771	230 aa		-0.1	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	SPO19	Q03029	223 aa		-0.1	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YJR056C	P47115	236 aa		-0.11	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	-0.11	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	MRX5	P47007	382 aa		-0.12	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YJR012C	P47087	207 aa		-0.12	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	GPI8	P49018	411 aa		-0.12	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	ATG17	Q06410	417 aa		-0.12	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YDL180W	Q12301	547 aa		-0.12	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	MET5	P47169	1442 aa		-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YAR068W	P39564	161 aa		-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	THO1	P40040	218 aa	Known RBP	-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	PGD1	P40356	397 aa		-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	SNZ3	P43545	298 aa		-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	SAY1	P53324	424 aa		-0.13	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YHR212W-A	P0CX91	67 aa		-0.14	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YKR104W	P0CE69	306 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	MET16	P18408	261 aa	Predicted RBP	-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	VPS3	P23643	1011 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	SRY1	P36007	326 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YKL070W	P36087	169 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YRB2	P40517	327 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	RPA43	P46669	326 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	LCL2	Q08045	131 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	YOR186W	Q08560	144 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	HTL1	Q9URQ5	78 aa		-0.15	□□□□□ -2.43
VAR1	Q0140	CUS2	P53830	285 aa	Predicted RBP	-0.16	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	ERV41	Q04651	352 aa		-0.16	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	RRP40	Q08285	240 aa	Known RBP	-0.16	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	SPT7	P35177	1332 aa		-0.16	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	CDC8	P00572	216 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	QRI5	P32344	111 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	JEN1	P36035	616 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	ECM33	P38248	429 aa	Known RBP	-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	RPF1	P38805	295 aa	Known RBP	-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	DDI1	P40087	428 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	FMP33	P46998	180 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	COQ10	Q08058	207 aa		-0.17	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	IPP1	P00817	287 aa	Known RBP	-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	MEK1	P24719	497 aa	Predicted RBP	-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	EHD3	P28817	500 aa		-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YFL065C	P43539	102 aa		-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	ERJ5	P43613	295 aa	Predicted RBP	-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	PNC1	P53184	216 aa	Known RBP	-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	NIP7	Q08962	181 aa	Known RBP	-0.18	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	TFC1	P32367	649 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	MRPL39	P36533	70 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	MEP1	P40260	492 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	RSM25	P40496	264 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	GCD14	P46959	383 aa	Predicted RBP	-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	AIF1	P52923	378 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	SPG3	Q04398	127 aa	Predicted RBP	-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	MSH5	Q12175	901 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		-0.19	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	VPS21	P36017	210 aa	Known RBP	-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	OSW5	P40219	148 aa		-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	POP3	P53833	195 aa	Predicted RBP	-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YDR286C	Q05530	114 aa		-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YOL160W	Q08321	113 aa		-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	PGC1	Q08959	321 aa		-0.2	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	FCY2	P17064	533 aa		-0.21	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	EDC3	P39998	551 aa	Known RBP	-0.21	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	COA1	P40452	197 aa		-0.21	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YAE1	P47118	141 aa	Predicted RBP	-0.21	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	SPG4	Q04438	115 aa		-0.21	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	YHR139C-A	O13536	103 aa		-0.22	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	HIS1	P00498	297 aa	Known RBP	-0.22	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	TRX1	P22217	103 aa	Known RBP	-0.22	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	DOC1	P53068	250 aa		-0.22	□□□□□ -2.44
VAR1	Q0140	NOP13	P53883	403 aa	Known RBP RIP-Chip data	-0.22	□□□□□ -2.44	not detected
VAR1	Q0140	HAM1	P47119	197 aa	Known RBP	-0.23	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	GMC2	Q06201	188 aa		-0.23	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	PDR18	P53756	1333 aa		-0.23	□□□□□ -2.45

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