RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	CCA1	P21269	546 aa		0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YKL162C	P36052	402 aa		0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	GDS1	P41913	522 aa		0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	SAS5	Q99314	248 aa		0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	PPH21	P23594	369 aa		0.52	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	GEP5	Q12393	293 aa		0.52	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	FKS1	P38631	1876 aa	Known RBP	0.52	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RAD3	P06839	778 aa		0.51	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	YER188C-A	P0C0V2	99 aa		0.51	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	SCL1	P21243	252 aa	Known RBP	0.51	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	DPP1	Q05521	289 aa		0.51	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	YPR1	Q12458	312 aa		0.51	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	MDH2	P22133	377 aa		0.5	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	MPP10	P47083	593 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	PBP4	Q07362	185 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	SAM4	Q08985	325 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	YOR114W	Q12219	294 aa		0.5	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RNP1	P32385	249 aa		0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	YBR219C	P38317	127 aa		0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	0.49	□□□□□ -2.33	not detected
VAR1	Q0140	BMT5	P40493	336 aa		0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	MDM34	P53083	459 aa		0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	FMP41	P53889	259 aa	Known RBP	0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	FRE6	Q12473	712 aa		0.49	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RNR2	P09938	399 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	TAL1	P15019	335 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	SUA5	P32579	426 aa		0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	HMT1	P38074	348 aa		0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	TEM1	P38987	245 aa		0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	JEM1	P40358	645 aa		0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	NIF3	P53081	288 aa		0.48	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RPL2A	P0CX45	254 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RPL2B	P0CX46	254 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	VMA2	P16140	517 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	PEX4	P29340	183 aa		0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RPS0A	P32905	252 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RXT2	P38255	430 aa		0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	CUE3	P53137	624 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	YMR209C	Q03648	457 aa		0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	CSI2	Q08054	341 aa		0.47	□□□□□ -2.33
VAR1	Q0140	RPL37A	P49166	88 aa	Known RBP	0.46	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	APC9	Q12107	265 aa		0.46	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	PRM10	P42946	383 aa		0.45	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	AGX1	P43567	385 aa		0.45	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	YMR316C-A	I2HB70	103 aa		0.44	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	DSF1	P0CX08	502 aa		0.44	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	YNR073C	P0CX09	502 aa		0.44	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	DOG1	P38774	246 aa		0.44	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	LIN1	P38852	340 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	CYR1	P08678	2026 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	COS2	P0CX12	379 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	COS3	P0CX13	379 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	SPT4	P32914	102 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	MAL32	P38158	584 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	SHC1	P39000	512 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	YJL028W	P47062	111 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	MAL12	P53341	584 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	VPS60	Q03390	229 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	MRPS8	Q03799	155 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	TAF9	Q05027	157 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	PST1	Q12355	444 aa		0.43	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	RPS3	P05750	240 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	PET494	P07390	489 aa	Predicted RBP	0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	GAL3	P13045	520 aa		0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	CAM1	P29547	415 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	ERG25	P53045	309 aa		0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	CYT2	Q00873	224 aa		0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	SDC1	Q03323	175 aa		0.42	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	YKL063C	P35725	167 aa		0.41	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	AVT2	P39981	480 aa		0.41	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	RSM10	Q03201	203 aa		0.41	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	BOP2	Q06150	570 aa		0.41	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	LOA1	Q06508	300 aa		0.41	□□□□□ -2.34
VAR1	Q0140	KDX1	P36005	433 aa		0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	RPC37	P36121	282 aa		0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	LAS1	P36146	502 aa	Predicted RBP	0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	YHR022C	P38763	256 aa		0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	OST2	P46964	130 aa		0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	SIF2	P38262	535 aa		0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	NPT1	P39683	429 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	RPL13B	P40212	199 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	RPL37B	P51402	88 aa	Known RBP	0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	ASI3	P53983	676 aa		0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	PEX10	Q05568	337 aa		0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	MEU1	Q07938	337 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.39	□□□□□ -2.35	not detected
VAR1	Q0140	RPL13A	Q12690	199 aa	Predicted RBP	0.39	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	VAR1	P02381	398 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	DDI2	P0CH63	225 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	DDI3	P0CH64	225 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	PHO88	P38264	188 aa	Predicted RBP	0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	FET3	P38993	636 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	KEL2	P50090	882 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	BUD25	P85052	153 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	YLR162W	Q06235	118 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	ATO3	Q12359	275 aa		0.38	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	UPS2	P35200	230 aa		0.37	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	YPL077C	Q02831	240 aa		0.37	□□□□□ -2.35

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 47.4 ms