RNA–Protein interactions for RNA: YMR309C

NIP1, Transcript of eIF3c subunit of the eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), yeast

Gene NIP1, Length 2,439 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NIP1	YMR309C	SEN34	P39707	275 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YIL089W	P40500	205 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YIA6	P40556	373 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TPN1	P53099	579 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YMR209C	Q03648	457 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PBP4	Q07362	185 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YDL144C	Q07589	356 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YDR262W	Q12331	272 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPR1	Q12458	312 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPL18A	P0CX49	186 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPL18B	P0CX50	186 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DPM1	P14020	267 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TAL1	P15019	335 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	BMH1	P29311	267 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	COT1	P32798	439 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	LAS1	P36146	502 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPC1	P38298	316 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SPT8	P38915	602 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	UTP25	P40498	721 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	AVT7	P40501	490 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GON7	P46984	123 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	COS6	P53344	381 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CAB5	Q03941	241 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DCR2	Q05924	578 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CTS2	Q06350	511 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YOL019W	Q08157	551 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPR064W	Q12492	139 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	BOL1	Q3E793	110 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RAD7	P06779	565 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PUT1	P09368	476 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ERG2	P32352	222 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YOR062C	P36025	268 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MCH2	P36032	473 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TDA11	P38854	504 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MRPL49	P40858	161 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YJL118W	P47022	219 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TAD2	P47058	250 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YJL016W	P47072	561 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MND1	P53102	219 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NFI1	Q12216	726 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ATG5	Q12380	294 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPL247C	Q12523	523 aa		0.2	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RAD3	P06839	778 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GAL7	P08431	366 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YOL162W	P0CF19	215 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DOA4	P32571	926 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	IMP3	P32899	183 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPS0A	P32905	252 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	END3	P39013	349 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CAJ1	P39101	391 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	FCY21	P40039	528 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	UBC13	P52490	153 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPL039W	Q03080	316 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	EBS1	Q03466	884 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ECM18	Q04623	453 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	FCF1	Q05498	189 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DPP1	Q05521	289 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PST1	Q12355	444 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ERP4	Q12450	207 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	AGC1	Q12482	902 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SKS1	Q12505	502 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MHT1	Q12525	324 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GAL3	P13045	520 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DPB2	P24482	689 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YCR102C	P25608	368 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CAM1	P29547	415 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YKR045C	P36138	183 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MAL32	P38158	584 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	POP8	P38208	133 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	VAB2	P40003	282 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	0.19	□□□□□ -2.38	not detected
NIP1	YMR309C	COG3	P40094	801 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	INA22	P40576	216 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	OST3	P48439	350 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NIF3	P53081	288 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	OKP1	P53298	406 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MAL12	P53341	584 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RCF1	Q03713	159 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YMR114C	Q04471	368 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	INM2	Q05533	292 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PML1	Q07930	204 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SLD7	Q08457	257 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YOR268C	Q08734	132 aa		0.19	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPL31A	P0C2H8	113 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ICL1	P28240	557 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RNP1	P32385	249 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SMI1	P32566	505 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SPT4	P32914	102 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SFC1	P33303	322 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YKL162C	P36052	402 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ARN2	P38724	620 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YHI9	P38765	294 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	FET3	P38993	636 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PEP8	P40335	379 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	AYR1	P40471	297 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SNX4	P47057	423 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PRM15	Q03262	622 aa		0.18	□□□□□ -2.38

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