RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	YGR117C	P53270	476 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	GPI1	P53306	609 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	YPR003C	P53394	754 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	CTF19	Q02732	369 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	YML096W	Q04489	525 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	ARG7	Q04728	441 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	AIM6	Q07716	390 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	HRD1	Q08109	551 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	SNF8	Q12483	233 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
PRP28	YDR243C	YOR304C-A	O14468	76 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	DDI2	P0CH63	225 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	DDI3	P0CH64	225 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RPL35A	P0CX84	120 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RPL35B	P0CX85	120 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NAM2	P11325	894 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CPR1	P14832	162 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CKS1	P20486	150 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RHB1	P25378	209 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YCL002C	P25565	263 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	UBC8	P28263	218 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	AFG1	P32317	509 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SRY1	P36007	326 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ALY1	P36117	915 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	FAA3	P39002	694 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	BUR6	P40096	142 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	VRG4	P40107	337 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YMR147W	P40218	223 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YIL054W	P40524	105 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	FET4	P40988	552 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	IRC7	P43623	340 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SSY5	P47002	699 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YJR011C	P47086	261 aa	Predicted RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YJR012C	P47087	207 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YNR029C	P53729	429 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NRK1	P53915	240 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	KIN4	Q01919	800 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	STD1	Q02794	444 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ODC1	Q03028	310 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	DIG2	Q03373	323 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	TVP15	Q03860	143 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ECM18	Q04623	453 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NAT4	Q04751	285 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	GTO3	Q04806	366 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	TPO1	Q07824	586 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CRT10	Q08226	957 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	PIN2	Q12057	282 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RRG1	Q12167	365 aa	Predicted RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	LCB4	Q12246	624 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RKM5	Q12367	367 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	STE2	D6VTK4	431 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	FLP1	P03870	423 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CAN1	P04817	590 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	BCY1	P07278	416 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	MSS18	P08593	268 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ATP5	P09457	212 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ZRC1	P20107	442 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	PRE9	P23638	258 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	KIN82	P25341	720 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RER1	P25560	188 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CSM1	P25651	190 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SUA7	P29055	345 aa	Predicted RBP	4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ERG9	P29704	444 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SNC1	P31109	117 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	COS9	P36034	407 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	GMH1	P36125	273 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	FLO10	P36170	1169 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YBR053C	P38235	358 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RCK1	P38622	512 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	KHA1	P40309	873 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	GDS1	P41913	522 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	GLR1	P41921	483 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	TAX4	P47030	604 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NUP57	P48837	541 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ALT2	P52892	507 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RTA1	P53047	317 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YGL185C	P53100	379 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	DIA1	P54005	336 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	AAT1	Q01802	451 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	NUP49	Q02199	472 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ECM9	Q02202	377 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SMA1	Q02651	245 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	PEX30	Q06169	523 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ECM30	Q06673	1274 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YLR036C	Q07986	203 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	MED7	Q08278	222 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	AAD15	Q08361	143 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YDR056C	Q12025	205 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	TPO4	Q12256	659 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YLR126C	Q12288	251 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	RMD5	Q12508	421 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	Q0142	Q9ZZW4	58 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	SAC7	P17121	654 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	BUD5	P25300	642 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	ACB1	P31787	87 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	YPT53	P36019	220 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	TUL1	P36096	758 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PRP28	YDR243C	VBA5	P36172	582 aa		4.19	□□□□□ -1.74

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