RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000608287.1

SGMS1-208, Transcript of sphingomyelin synthase 1, human

TSL 4

Gene SGMS1, Length 542 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SGMS1-208	ENST00000608287	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		31.93	■■■□□ 2.7
SGMS1-208	ENST00000608287	MLEC	Q14165	292 aa		31.92	■■■□□ 2.7
SGMS1-208	ENST00000608287	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		31.91	■■■□□ 2.7
SGMS1-208	ENST00000608287	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		31.89	■■■□□ 2.7
SGMS1-208	ENST00000608287	SOCS7	O14512	581 aa		31.88	■■■□□ 2.69
SGMS1-208	ENST00000608287	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		31.88	■■■□□ 2.69
SGMS1-208	ENST00000608287	ATP10A	O60312	1499 aa		31.86	■■■□□ 2.69
SGMS1-208	ENST00000608287	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		31.85	■■■□□ 2.69
SGMS1-208	ENST00000608287	PLCH2	O75038	1416 aa		31.83	■■■□□ 2.69
SGMS1-208	ENST00000608287	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
SGMS1-208	ENST00000608287	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		31.8	■■■□□ 2.68
SGMS1-208	ENST00000608287	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	31.79	■■■□□ 2.68
SGMS1-208	ENST00000608287	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		31.75	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		31.74	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	STRC	Q7RTU9	1775 aa		31.73	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	ILDR2	Q71H61	639 aa		31.73	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		31.72	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		31.72	■■■□□ 2.67
SGMS1-208	ENST00000608287	PTPRT	O14522	1441 aa		31.69	■■■□□ 2.66
SGMS1-208	ENST00000608287	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	31.69	■■■□□ 2.66
SGMS1-208	ENST00000608287	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	31.69	■■■□□ 2.66
SGMS1-208	ENST00000608287	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	31.66	■■■□□ 2.66
SGMS1-208	ENST00000608287	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		31.65	■■■□□ 2.66
SGMS1-208	ENST00000608287	KDM5C	P41229	1560 aa		31.63	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	RERE	Q9P2R6	1566 aa		31.63	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	31.61	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	KIF14	Q15058	1648 aa		31.6	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	FMN1	Q68DA7	1419 aa		31.59	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		31.59	■■■□□ 2.65
SGMS1-208	ENST00000608287	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		31.57	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		31.55	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	CLIP1	P30622	1438 aa		31.54	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		31.54	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	C3	P01024	1663 aa		31.54	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		31.51	■■■□□ 2.64
SGMS1-208	ENST00000608287	AGL	P35573	1532 aa		31.5	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	31.5	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		31.5	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		31.49	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	AFAP1	Q8N556	730 aa		31.49	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		31.48	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	31.48	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	31.46	■■■□□ 2.63
SGMS1-208	ENST00000608287	NCOA1	Q15788	1441 aa		31.44	■■■□□ 2.62
SGMS1-208	ENST00000608287	ABCA6	Q8N139	1617 aa		31.44	■■■□□ 2.62
SGMS1-208	ENST00000608287	NPAT	Q14207	1427 aa		31.37	■■■□□ 2.61
SGMS1-208	ENST00000608287	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		31.35	■■■□□ 2.61
SGMS1-208	ENST00000608287	MROH2A	A6NES4	1674 aa		31.35	■■■□□ 2.61
SGMS1-208	ENST00000608287	ABCC1	P33527	1531 aa		31.34	■■■□□ 2.61
SGMS1-208	ENST00000608287	PREX2	Q70Z35	1606 aa		31.33	■■■□□ 2.61
SGMS1-208	ENST00000608287	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		31.32	■■■□□ 2.6
SGMS1-208	ENST00000608287	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		31.32	■■■□□ 2.6
SGMS1-208	ENST00000608287	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		31.28	■■■□□ 2.6
SGMS1-208	ENST00000608287	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		31.26	■■■□□ 2.59
SGMS1-208	ENST00000608287	PLA2R1	Q13018	1463 aa		31.23	■■■□□ 2.59
SGMS1-208	ENST00000608287	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		31.23	■■■□□ 2.59
SGMS1-208	ENST00000608287	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		31.23	■■■□□ 2.59
SGMS1-208	ENST00000608287	PKD2	Q13563	968 aa		31.23	■■■□□ 2.59
SGMS1-208	ENST00000608287	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	31.19	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	ZMYM3	Q14202	1370 aa		31.19	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	31.18	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		31.18	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	31.16	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		31.14	■■■□□ 2.58
SGMS1-208	ENST00000608287	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		31.13	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		31.13	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		31.13	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	31.11	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	31.1	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	31.09	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	31.08	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		31.07	■■■□□ 2.57
SGMS1-208	ENST00000608287	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		31.06	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	ATP7A	Q04656	1500 aa		31.04	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		31.04	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		31.03	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	PTPRK	Q15262	1439 aa		31.03	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	PLXNC1	O60486	1568 aa		31.03	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	31.02	■■■□□ 2.56
SGMS1-208	ENST00000608287	A2M	P01023	1474 aa		31.01	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		30.99	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	30.98	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	TOM1	O60784	492 aa		30.98	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	CPS1	P31327	1500 aa		30.98	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	30.96	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		30.95	■■■□□ 2.55
SGMS1-208	ENST00000608287	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	30.95	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		30.95	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	GGT6	Q6P531	493 aa		30.93	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		30.93	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	30.93	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	30.9	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	30.9	■■■□□ 2.54	2e-6	■■■■□ 21.2
SGMS1-208	ENST00000608287	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	30.89	■■■□□ 2.54
SGMS1-208	ENST00000608287	HSPA1L	P34931	641 aa		30.88	■■■□□ 2.53
SGMS1-208	ENST00000608287	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	30.88	■■■□□ 2.53
SGMS1-208	ENST00000608287	PIP4K2B	P78356	416 aa		30.86	■■■□□ 2.53
SGMS1-208	ENST00000608287	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	30.84	■■■□□ 2.53
SGMS1-208	ENST00000608287	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		30.83	■■■□□ 2.53
SGMS1-208	ENST00000608287	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		30.83	■■■□□ 2.53

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