RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ABCC5	O15440	1437 aa		42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PREX2	Q70Z35	1606 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ROCK1	Q13464	1354 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	42.89	■■■■■ 4.46	3e-9	■■□□□ 12.3
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		42.87	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		42.84	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAPKBP1	O60336	1514 aa		42.79	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		42.79	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	42.75	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		42.73	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KCNH8	Q96L42	1107 aa		42.72	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADGRL2	O95490	1459 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLCH2	O75038	1416 aa		42.64	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		42.63	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NCOA1	Q15788	1441 aa		42.62	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KDM6B	O15054	1643 aa		42.61	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		42.61	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MBD5	Q9P267	1494 aa		42.61	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		42.6	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	42.59	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		42.57	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ASXL2	Q76L83	1435 aa		42.55	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TSPY4	P0CV99	314 aa		42.54	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TSPY10	P0CW01	314 aa		42.54	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		42.54	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	42.53	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		42.51	■■■■■ 4.4
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		42.5	■■■■■ 4.39
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		42.49	■■■■■ 4.39
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRIM52	Q96A61	297 aa		42.45	■■■■■ 4.39
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		42.43	■■■■■ 4.38
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ABCC1	P33527	1531 aa		42.38	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		42.35	■■■■■ 4.37
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		42.32	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		42.31	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		42.31	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KIF15	Q9NS87	1388 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	42.28	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NEUROD1	Q13562	356 aa		42.26	■■■■■ 4.36
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLXNC1	O60486	1568 aa		42.26	■■■■■ 4.35
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FANCA	O15360	1455 aa		42.24	■■■■■ 4.35
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	42.18	■■■■■ 4.34
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		42.17	■■■■■ 4.34
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PZP	P20742	1482 aa		42.16	■■■■■ 4.34
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		42.14	■■■■■ 4.34
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	42.13	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		42.11	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		42.11	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		42.09	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TONSL	Q96HA7	1378 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CD109	Q6YHK3	1445 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADGRL1	O94910	1474 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		42.02	■■■■■ 4.32
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	42.01	■■■■■ 4.32
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NUP155	O75694	1391 aa		42.01	■■■■■ 4.32
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		42	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		41.99	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		41.98	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	UNC13B	O14795	1591 aa		41.97	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	41.97	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AFAP1	Q8N556	730 aa		41.95	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	41.94	■■■■■ 4.31
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FOXD1	Q16676	465 aa		41.94	■■■■■ 4.3
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GLI2	P10070	1586 aa		41.93	■■■■■ 4.3
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ATP7A	Q04656	1500 aa		41.9	■■■■■ 4.3
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	41.88	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PKD2	Q13563	968 aa		41.88	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		41.88	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NEO1	Q92859	1461 aa		41.87	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		41.86	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		41.84	■■■■■ 4.29
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		41.81	■■■■■ 4.28
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		41.8	■■■■■ 4.28
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	41.79	■■■■■ 4.28
CTDNEP1-208	ENST00000573600	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		41.76	■■■■■ 4.28
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KDM5C	P41229	1560 aa		41.75	■■■■■ 4.27
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DIP2B	Q9P265	1576 aa		41.73	■■■■■ 4.27
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		41.73	■■■■■ 4.27
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		41.69	■■■■■ 4.26
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	41.69	■■■■■ 4.26
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		41.66	■■■■■ 4.26
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DEPDC5	O75140	1603 aa		41.65	■■■■■ 4.26

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.4 ms