RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472398.5

TTC3-214, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 1 (best)

Gene TTC3, Length 2,305 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-214	ENST00000472398	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
TTC3-214	ENST00000472398	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
TTC3-214	ENST00000472398	POTEB2	H3BUK9	544 aa		4.9	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		4.9	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.89	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		4.89	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	PYGB	P11216	843 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	BCCIP	Q9P287	314 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
TTC3-214	ENST00000472398	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KIF12	Q96FN5	646 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	STK25	O00506	426 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	PDAP1	Q13442	181 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RGS22	Q8NE09	1264 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	ARID3C	A6NKF2	412 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RAD21	O60216	631 aa		4.81	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KCTD17	Q8N5Z5	321 aa		4.81	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	MTMR7	Q9Y216	660 aa		4.81	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF592	Q92610	1267 aa		4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	ZMYND15	Q9H091	742 aa		4.8	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	MAP3K13	O43283	966 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	IFNL1	Q8IU54	200 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	STK24	Q9Y6E0	443 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	PSEN1	P49768	467 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		4.79	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		4.78	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		4.78	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
TTC3-214	ENST00000472398	GTF3C5	Q9Y5Q8	519 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	PHF12	Q96QT6	1004 aa		4.76	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	AAMP	Q13685	434 aa		4.75	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	TICAM2	Q86XR7	235 aa		4.75	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	CERS3	Q8IU89	383 aa		4.75	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	SOX12	O15370	315 aa		4.74	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	MFRP	Q9BY79	579 aa		4.74	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	NEUROD2	Q15784	382 aa		4.73	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		4.73	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		4.73	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	APBB1	O00213	710 aa		4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	TIE1	P35590	1138 aa		4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	USP35	Q9P2H5	1018 aa		4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	PSMG3-AS1	Q96PY0	264 aa		4.72	□□□□□ -1.65
TTC3-214	ENST00000472398	NLRP6	P59044	892 aa		4.71	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	EFCAB3	Q8N7B9	438 aa		4.71	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		4.71	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	PSMD1	Q99460	953 aa		4.7	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	STK17A	Q9UEE5	414 aa		4.7	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		4.69	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	CABP2	Q9NPB3	220 aa		4.69	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	TRPC6	Q9Y210	931 aa		4.69	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	LCE3B	Q5TA77	95 aa		4.69	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	CLSTN1	O94985	981 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		4.68	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		4.67	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		4.67	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	GALR2	O43603	387 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
TTC3-214	ENST00000472398	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		4.66	□□□□□ -1.66

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