RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	PCP2	Q8IVA1	136 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		A0A096LNJ9	63 aa		6	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		K7EQD1	137 aa		6	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	NXPH4	O95158	308 aa		6	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZQT7	251 aa		6	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		H3BVH4	76 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	SNCG	O76070	127 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	ARMS2	P0C7Q2	107 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	GATA1	P15976	413 aa	Predicted RBP	5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	LYPD5	Q6UWN5	251 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	ORMDL3	Q8N138	153 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	DPM2	O94777	84 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	IGKC	P01834	107 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	RNASE3	P12724	160 aa	Known RBP	5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	SPANXN1	Q5VSR9	72 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	LINC01600	Q96MT4	127 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		K7ERJ3	54 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		M0R381	172 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	C11orf21	Q9P2W6	132 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	MUC4	Q99102	2169 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	TMSB15B	A0A087X1C1	80 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC30	Q96LL9	226 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	NXT2	Q9NPJ8	142 aa	Known RBP	5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	DNAH1	Q9P2D7	4330 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285		H7C1H1	209 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	PLN	P26678	52 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	UBE2D3	P61077	147 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	UBE2D2	P62837	147 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	HIST1H4G	Q99525	98 aa		5.96	□□□□□ -1.45
USP3-208	ENST00000558285	RYR2	Q92736	4967 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-73	A0A0B4J1V6	119 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-38	A0A0C4DH36	116 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	RTL8C	O15255	209 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	FCER1G	P30273	86 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LELP1	Q5T871	98 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	RYR3	Q15413	4870 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CRYGD	P07320	174 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	DNAH10OS	P0CZ25	163 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	SCGB1C2	P0DMR2	95 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CRIP1	P50238	77 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	ZNF56	Q15929	161 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	RMI2	Q96E14	147 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	SACS	Q9NZJ4	4579 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GX51	115 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285		F5H697	171 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	PSCA	O43653	123 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	NPY	P01303	97 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	UBE2D1	P51668	147 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CARD19	Q96LW7	228 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	TPPP3	Q9BW30	176 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	MSRB1	Q9NZV6	116 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285		D6R8Y8	96 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CCDC179	H3BU77	68 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LINC01556	Q5JQF7	62 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LINC00315	P59091	139 aa		5.93	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LAGE3	Q14657	143 aa		5.93	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		5.93	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		5.93	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	5.93	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	TRAV8-3	A0A0A6YYJ7	113 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	TRAV12-1	A0A0B4J245	112 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	PRSS1	P07477	247 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LYST	Q99698	3801 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	IMUP	Q9GZP8	106 aa		5.92	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	NACA	E9PAV3	2078 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LOC100131303	A0A0U1RQF7	123 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	C16orf90	A8MZG2	172 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	CKS2	P33552	79 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	PSMB2	P49721	201 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	WFDC10B	Q8IUB3	73 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285		J3KT08	172 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	OR13C6P	Q8NH95	151 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		5.91	□□□□□ -1.46
USP3-208	ENST00000558285	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		5.9	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GVY2	172 aa		5.9	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	MGP	P08493	103 aa		5.9	□□□□□ -1.47

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 68.6 ms