RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		10.92	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	ABCC8	Q09428	1581 aa		10.91	□□□□□ -0.66
NEK1-208	ENST00000512193	TSPY4	P0CV99	314 aa		10.89	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	TSPY10	P0CW01	314 aa		10.89	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	10.89	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	10.89	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	10.87	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	NBR1	Q14596	966 aa		10.87	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		10.87	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		10.84	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
NEK1-208	ENST00000512193	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	RGL3	Q3MIN7	710 aa		10.81	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	NEFM	P07197	916 aa		10.81	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		10.79	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	SLC24A1	O60721	1099 aa		10.79	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	WIZ	O95785	1651 aa		10.78	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	10.78	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
NEK1-208	ENST00000512193	CUX2	O14529	1486 aa		10.77	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		10.77	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		10.76	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	KCNH8	Q96L42	1107 aa		10.75	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		10.74	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		10.74	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		10.74	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	10.73	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		10.73	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		10.73	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		10.73	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	10.72	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	10.71	□□□□□ -0.69
NEK1-208	ENST00000512193	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		10.71	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	FOXD1	Q16676	465 aa		10.7	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		10.7	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	CCER2	I3L3R5	266 aa		10.69	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		10.69	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	HSP90AA1	P07900	732 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	10.68	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	ARX	Q96QS3	562 aa		10.68	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
NEK1-208	ENST00000512193	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		10.64	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		10.64	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		10.63	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		10.63	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		10.62	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	NEUROD2	Q15784	382 aa		10.61	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		10.6	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	PKD2	Q13563	968 aa		10.59	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	RGS3	P49796	1198 aa		10.59	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		10.59	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	SMARCA2	P51531	1590 aa		10.59	□□□□□ -0.71
NEK1-208	ENST00000512193	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		10.58	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	10.57	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	CDCA8	Q53HL2	280 aa		10.57	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	10.56	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		10.56	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		10.56	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	ANP32B	Q92688	251 aa	Known RBP	10.56	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	SMARCA4	P51532	1647 aa		10.54	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	FMN1	Q68DA7	1419 aa		10.54	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	10.53	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	10.52	□□□□□ -0.72
NEK1-208	ENST00000512193	TMF1	P82094	1093 aa		10.52	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	BECN1	Q14457	450 aa		10.52	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	CFAP53	Q96M91	514 aa		10.52	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		10.51	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	NUP155	O75694	1391 aa		10.49	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		10.48	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		10.48	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		10.47	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
NEK1-208	ENST00000512193	PLEKHG5	O94827	1062 aa		10.46	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	ERCC6	Q03468	1493 aa		10.46	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	NUDC	Q9Y266	331 aa		10.45	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	IGF1R	P08069	1367 aa		10.44	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	10.44	□□□□□ -0.74	8e-6	■■■■□ 19.5
NEK1-208	ENST00000512193	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		10.44	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	10.43	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	RALBP1	Q15311	655 aa		10.42	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	POGK	Q9P215	609 aa		10.42	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		10.42	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		10.42	□□□□□ -0.74

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 71 ms