RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	VPS38	Q05919	439 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SNU23	Q12368	194 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-H	O13535	1793 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-DR5	P0C2I2	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-DR6	P0C2I3	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-LR2	P0C2I5	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-LR3	P0C2I6	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-PR1	P0C2I9	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-PR2	P0C2J0	1756 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-PR3	P0C2J1	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-JR1	P47098	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-ML2	Q03434	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-ER1	Q03612	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-ML1	Q04711	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-GR2	Q12269	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-OL	Q12273	1755 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1B-PL	Q12414	1755 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YSP2	Q06681	1438 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ADE8	P04161	214 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SEC63	P14906	663 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	STI1	P15705	589 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.61	□□□□□ -1.67	not detected
PRP28	YDR243C	POL30	P15873	258 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PHO13	P19881	312 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RET1	P22276	1149 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RVS161	P25343	265 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RDS1	P25611	832 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SFA1	P32771	386 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SCT1	P32784	759 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PEX6	P33760	1030 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SQT1	P35184	431 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MYO3	P36006	1272 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GLG1	P36143	616 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PXL1	P36166	706 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ALG3	P38179	458 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TDP1	P38319	544 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	CTM1	P38818	585 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	NPT1	P39683	429 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YIL077C	P40508	320 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SER33	P40510	469 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ALA1	P40825	983 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ROK1	P45818	564 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YJL049W	P47048	450 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PRO2	P54885	456 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ECM23	Q02710	187 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GRC3	Q07845	632 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GAS4	Q08271	471 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	NTE1	Q04958	1679 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	NCP1	P16603	691 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PRP5	P21372	849 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	AAD3	P25612	363 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ZIP1	P31111	875 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SRP40	P32583	406 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TEF4	P36008	412 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	UBP11	P36026	717 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SHM1	P37292	490 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MSR1	P38714	643 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TIF4631	P39935	952 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	DDI1	P40087	428 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PAC11	P40960	533 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	BNA6	P43619	295 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VMA10	P48836	114 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ZRG17	P53735	605 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VAC14	Q06708	880 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SGT1	Q08446	395 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	THP3	Q12049	470 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RTR2	Q12378	196 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RKR1	Q04781	1562 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	CYT1	P07143	309 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	STE12	P13574	688 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	HSP60	P19882	572 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ACE2	P21192	770 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RAD57	P25301	460 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PRD1	P25375	712 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ACH1	P32316	526 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TPO5	P36029	618 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PAM1	P37304	830 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	KAP104	P38217	918 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RCK2	P38623	610 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MTG2	P38860	518 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	CAB2	P40506	365 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SEC28	P40509	296 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TED1	P40533	473 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YPT11	P48559	417 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	NOG1	Q02892	647 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TAF9	Q05027	157 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ADY3	Q07732	790 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PUS7	Q08647	676 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	BAG7	Q12128	409 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YPR022C	Q12139	1133 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MNL2	Q12205	849 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SPO21	Q12411	609 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PDR11	P40550	1411 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPS31	P05759	152 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PIF1	P07271	859 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	STF2	P16965	84 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GSY1	P23337	708 aa		4.59	□□□□□ -1.67

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