Protein–RNA interactions for Protein: P16989

YBX3, Y-box-binding protein 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 372 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
YBX3P16989 MEF2C-217ENST00000510942 3446 ntTSL 5 BASIC7.99□□□□□ -1.131e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-225ENST00000625585 3467 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.44□□□□□ -1.221e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-210ENST00000506554 3469 ntTSL 5 BASIC7.23□□□□□ -1.251e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-201ENST00000340208 6192 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.22□□□□□ -1.251e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-244ENST00000636998 5936 ntTSL 5 BASIC7.12□□□□□ -1.271e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-249ENST00000637481 6088 ntTSL 5 BASIC6.81□□□□□ -1.321e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-226ENST00000625674 4343 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.67□□□□□ -1.341e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 MEF2C-202ENST00000424173 6336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.371e-6■■■■■ 32.7
YBX3P16989 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.379e-7■■■■■ 32.5
YBX3P16989 SHC2-206ENST00000590222 951 ntTSL 522.42■■□□□ 1.189e-7■■■■■ 32.5
YBX3P16989 AC019080.1-207ENST00000447413 1182 ntTSL 1 (best)15.74■□□□□ 0.119e-7■■■■■ 32.5
YBX3P16989 AC019080.1-202ENST00000456746 5147 ntTSL 28.2□□□□□ -1.19e-7■■■■■ 32.5
YBX3P16989 AC019080.1-201ENST00000397057 5202 ntTSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.249e-7■■■■■ 32.5
YBX3P16989 WDR41-202ENST00000502528 3268 ntTSL 1 (best)8.83□□□□□ -13e-7■■■■■ 32.4
YBX3P16989 SMIM29-208ENST00000495581 911 ntTSL 226.9■■□□□ 1.92e-10■■■■■ 32.4
YBX3P16989 SLC19A1-203ENST00000417954 3572 ntTSL 1 (best)14.72□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 32.4
YBX3P16989 AP2M1-214ENST00000466598 684 ntTSL 226.95■■□□□ 1.94e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-204ENST00000427072 557 ntTSL 426.95■■□□□ 1.94e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-211ENST00000460862 551 ntTSL 426.92■■□□□ 1.94e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-220ENST00000487958 796 ntTSL 224.01■■□□□ 1.434e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-209ENST00000448139 601 ntTSL 519.7■□□□□ 0.744e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-216ENST00000472560 910 ntTSL 219.48■□□□□ 0.711e-12■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-210ENST00000455925 545 ntTSL 419■□□□□ 0.634e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-206ENST00000432591 802 ntTSL 514.52□□□□□ -0.091e-12■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AP2M1-205ENST00000431779 602 ntTSL 314.32□□□□□ -0.124e-13■■■■■ 32.3
YBX3P16989 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.248e-12■■■■■ 32.3
YBX3P16989 AC008760.2-201ENST00000614781 1357 ntBASIC13.82□□□□□ -0.29e-14■■■■■ 32.3
YBX3P16989 NUP54-211ENST00000512151 1385 ntTSL 213.68□□□□□ -0.221e-9■■■■■ 32.2
YBX3P16989 NUP54-203ENST00000504173 314 ntTSL 313.66□□□□□ -0.221e-9■■■■■ 32.2
YBX3P16989 IGF2BP1-206ENST00000515586 768 ntTSL 319.42■□□□□ 0.71e-6■■■■■ 32.1
YBX3P16989 IGF2BP1-203ENST00000499130 568 ntTSL 317.21■□□□□ 0.351e-6■■■■■ 32.1
YBX3P16989 RPL23-209ENST00000584056 549 ntTSL 212.15□□□□□ -0.468e-27■■■■■ 32
YBX3P16989 RPL23-208ENST00000577760 3081 nt10.95□□□□□ -0.668e-27■■■■■ 32
YBX3P16989 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.073e-13■■■■■ 31.9
YBX3P16989 MAP3K1-202ENST00000469188 3713 ntTSL 1 (best)3.35□□□□□ -1.873e-13■■■■■ 31.9
YBX3P16989 EXT2-205ENST00000527014 580 ntTSL 424.81■■□□□ 1.563e-6■■■■■ 31.9
YBX3P16989 PARP1-209ENST00000498787 628 ntTSL 216.49■□□□□ 0.232e-9■■■■■ 31.9
YBX3P16989 Y_RNA.473-201ENST00000384333 102 ntBASIC5.15□□□□□ -1.593e-10■■■■■ 31.9
YBX3P16989 HECTD4-212ENST00000550724 587 ntTSL 319.2■□□□□ 0.667e-7■■■■■ 31.9
YBX3P16989 CARM1-209ENST00000590699 2240 ntTSL 532.3■■■□□ 2.762e-7■■■■■ 31.8
YBX3P16989 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.812e-7■■■■■ 31.8
YBX3P16989 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.222e-7■■■■■ 31.8
YBX3P16989 CARM1-203ENST00000586221 2766 ntTSL 1 (best)15.99■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 31.8
YBX3P16989 ALG3-214ENST00000488976 910 ntTSL 227.16■■□□□ 1.941e-10■■■■■ 31.8
YBX3P16989 ALG3-208ENST00000461415 1017 ntTSL 227■■□□□ 1.911e-10■■■■■ 31.8
YBX3P16989 ALG3-212ENST00000482048 725 ntTSL 1 (best)23.64■■□□□ 1.371e-10■■■■■ 31.8
YBX3P16989 TNPO3-203ENST00000471234 3283 ntTSL 1 (best) BASIC10.2□□□□□ -0.783e-9■■■■■ 31.8
YBX3P16989 TNPO3-205ENST00000627585 4514 ntTSL 2 BASIC9.93□□□□□ -0.823e-9■■■■■ 31.8
YBX3P16989 TNPO3-202ENST00000471166 3019 ntTSL 5 BASIC9.59□□□□□ -0.873e-9■■■■■ 31.8
YBX3P16989 TNPO3-204ENST00000482320 3585 ntTSL 1 (best) BASIC9.21□□□□□ -0.943e-9■■■■■ 31.8
YBX3P16989 TNPO3-201ENST00000265388 4153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.55□□□□□ -1.043e-9■■■■■ 31.8
YBX3P16989 MGRN1-208ENST00000587747 1898 ntTSL 520.86■□□□□ 0.932e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-204ENST00000536343 1575 ntTSL 219.94■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-213ENST00000590790 994 ntTSL 519.44■□□□□ 0.72e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-211ENST00000588994 1665 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-209ENST00000588015 651 ntTSL 515.34■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-207ENST00000587145 577 ntTSL 414.46□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-212ENST00000590457 552 ntTSL 314.46□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-217ENST00000593224 498 ntTSL 513.94□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 MGRN1-203ENST00000415496 6405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 31.6
YBX3P16989 SZRD1-205ENST00000472461 843 ntTSL 323.04■■□□□ 1.286e-10■■■■■ 31.5
YBX3P16989 SZRD1-204ENST00000472351 791 ntTSL 419.6■□□□□ 0.736e-10■■■■■ 31.5
YBX3P16989 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.696e-10■■■■■ 31.5
YBX3P16989 SZRD1-209ENST00000486763 549 ntTSL 414.83□□□□□ -0.046e-10■■■■■ 31.5
YBX3P16989 SZRD1-207ENST00000475554 583 ntTSL 313.61□□□□□ -0.236e-10■■■■■ 31.5
YBX3P16989 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.094e-11■■■■■ 31.4
YBX3P16989 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.864e-11■■■■■ 31.4
YBX3P16989 NR2F1-AS1-204ENST00000510254 862 ntTSL 219.34■□□□□ 0.694e-11■■■■■ 31.4
YBX3P16989 NR2F1-AS1-213ENST00000607797 3380 ntTSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.474e-11■■■■■ 31.4
YBX3P16989 NR2F1-AS1-208ENST00000606233 2264 ntTSL 2 BASIC9.5□□□□□ -0.894e-11■■■■■ 31.4
YBX3P16989 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.864e-9■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-219ENST00000561080 5407 ntTSL 1 (best)18.41■□□□□ 0.545e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-214ENST00000559664 5111 ntTSL 1 (best)14.47□□□□□ -0.095e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-205ENST00000458406 4425 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.275e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-206ENST00000558589 3866 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.275e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-207ENST00000558667 3725 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-213ENST00000559523 4454 ntTSL 512.49□□□□□ -0.415e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-202ENST00000354181 4568 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.635e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-203ENST00000397702 4096 ntTSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.745e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-201ENST00000290209 7286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.245e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-218ENST00000560611 4239 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.76□□□□□ -1.335e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-216ENST00000560164 3744 ntTSL 2 BASIC6.1□□□□□ -1.435e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 SLC12A6-204ENST00000397707 4194 ntTSL 1 (best) BASIC5.98□□□□□ -1.455e-10■■■■■ 31.4
YBX3P16989 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.481e-9■■■■■ 31.3
YBX3P16989 AKT1-204ENST00000544168 1564 ntTSL 221.83■■□□□ 1.094e-7■■■■■ 31.2
YBX3P16989 MRPS15-204ENST00000488606 2127 ntTSL 210.04□□□□□ -0.83e-10■■■■■ 31.2
YBX3P16989 MRPS15-203ENST00000477040 533 ntTSL 28.07□□□□□ -1.123e-10■■■■■ 31.2
YBX3P16989 STXBP1-204ENST00000494254 563 ntTSL 513.56□□□□□ -0.245e-10■■■■■ 31.1
YBX3P16989 STXBP1-211ENST00000628638 581 ntTSL 313.4□□□□□ -0.265e-10■■■■■ 31.1
YBX3P16989 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.521e-6■■■■■ 31.1
YBX3P16989 MARCH7-209ENST00000539065 3303 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.361e-8■■■■■ 31
YBX3P16989 MARCH7-201ENST00000259050 5922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.391e-8■■■■■ 31
YBX3P16989 MARCH7-202ENST00000409175 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.42□□□□□ -1.861e-8■■■■■ 31
YBX3P16989 MARCH7-203ENST00000409591 2147 ntTSL 2 BASIC3.17□□□□□ -1.91e-8■■■■■ 31
YBX3P16989 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.559e-9■■■■■ 30.8
YBX3P16989 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.19e-9■■■■■ 30.8
YBX3P16989 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.379e-9■■■■■ 30.8
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