Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PCIF1Q9H4Z3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms