Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VMP1Q96GC9 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
VMP1Q96GC9 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.4 ms