Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HMGA1P17096 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HMGA1P17096 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
HMGA1P17096 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HMGA1P17096 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
HMGA1P17096 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.1 ms