Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCIF1Q9H4Z3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PCIF1Q9H4Z3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms