Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDC1P18827 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDC1P18827 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDC1P18827 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDC1P18827 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDC1P18827 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDC1P18827 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDC1P18827 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SDC1P18827 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDC1P18827 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDC1P18827 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms