Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 DDX42-206ENST00000578137 857 ntTSL 33.82□□□□□ -1.82e-7■■■□□ 15.3
CDC40O60508 DDX42-211ENST00000580108 545 ntTSL 33.67□□□□□ -1.822e-7■■■□□ 15.3
CDC40O60508 SLC2A9-206ENST00000505104 1659 ntTSL 1 (best)15.7■□□□□ 0.18e-8■■■□□ 15.3
CDC40O60508 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.098e-8■■■□□ 15.3
CDC40O60508 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.118e-8■■■□□ 15.3
CDC40O60508 SLC2A9-208ENST00000506583 1927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.528e-8■■■□□ 15.3
CDC40O60508 SLC2A9-213ENST00000513129 738 ntTSL 39.3□□□□□ -0.928e-8■■■□□ 15.3
CDC40O60508 PLXNB1-201ENST00000296440 7143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.296e-7■■■□□ 15.3
CDC40O60508 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.821e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 LRP5-206ENST00000529993 5103 ntTSL 1 (best)14.14□□□□□ -0.151e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 BCAR1-222ENST00000569340 714 ntTSL 312.28□□□□□ -0.441e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 GPI-212ENST00000589985 1516 ntTSL 317.5■□□□□ 0.398e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 ATP11A-202ENST00000375645 8795 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.434e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 ATP11A-201ENST00000375630 8768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.24□□□□□ -0.454e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 ATP11A-212ENST00000487903 8858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.654e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.131e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 BCAR1-208ENST00000542031 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.381e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.017e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-206ENST00000498176 715 ntTSL 1 (best)20.48■□□□□ 0.873e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.013e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.123e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-205ENST00000477108 636 ntTSL 1 (best)14.1□□□□□ -0.153e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-202ENST00000356053 2670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.573e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-207ENST00000544000 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.573e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 HNRNPF-203ENST00000357065 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.98□□□□□ -0.813e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 TNS1-217ENST00000490566 1652 ntTSL 29.42□□□□□ -0.92e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 TNS1-209ENST00000446688 4292 ntTSL 1 (best) BASIC9.41□□□□□ -0.92e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 AMDHD2-210ENST00000565570 1844 ntTSL 516.88■□□□□ 0.296e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.276e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 AMDHD2-215ENST00000568263 1482 ntTSL 216.63■□□□□ 0.256e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 AMDHD2-202ENST00000302956 3273 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.476e-7■■■□□ 15.2
CDC40O60508 TCEA3-203ENST00000450454 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.691e-6■■■□□ 15.2
CDC40O60508 COL27A1-208ENST00000494780 514 ntTSL 421.62■■□□□ 1.051e-14■■■□□ 15.1
CDC40O60508 RNU6-13P-201ENST00000384248 107 ntBASIC-1.91□□□□□ -2.721e-13■■■□□ 15.1
CDC40O60508 SMG1-202ENST00000446231 16115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.63□□□□□ -1.194e-9■■■□□ 15
CDC40O60508 SMG1-211ENST00000565324 12465 ntTSL 1 (best)5.25□□□□□ -1.574e-9■■■□□ 15
CDC40O60508 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.072e-10■■■□□ 15
CDC40O60508 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 02e-10■■■□□ 15
CDC40O60508 NEU4-214ENST00000476542 536 ntTSL 219.49■□□□□ 0.711e-6■■■□□ 15
CDC40O60508 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.571e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 SLC2A4RG-203ENST00000474248 624 ntTSL 221.12■□□□□ 0.971e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 SLC2A4RG-205ENST00000485897 518 ntTSL 520.73■□□□□ 0.911e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 CTDSP1-209ENST00000488627 1118 ntTSL 314.63□□□□□ -0.071e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 DYNC1H1-208ENST00000556139 763 ntTSL 313.79□□□□□ -0.21e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-216ENST00000428883 544 ntTSL 412.75□□□□□ -0.371e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 CTDSP1-208ENST00000482272 984 ntTSL 212.5□□□□□ -0.411e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 CTDSP1-206ENST00000464255 926 ntTSL 512.06□□□□□ -0.481e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-225ENST00000463554 1085 ntTSL 511.79□□□□□ -0.521e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-209ENST00000423659 2329 ntTSL 510.56□□□□□ -0.721e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-202ENST00000409196 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.19□□□□□ -0.781e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-218ENST00000430720 561 ntTSL 49.85□□□□□ -0.831e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-214ENST00000427233 530 ntTSL 59.75□□□□□ -0.851e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-203ENST00000409451 5937 ntTSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.851e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-205ENST00000409547 5978 ntTSL 1 (best) BASIC9.05□□□□□ -0.961e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-204ENST00000409480 5976 ntTSL 5 BASIC8.77□□□□□ -11e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-201ENST00000373563 5847 ntTSL 1 (best) BASIC8.6□□□□□ -1.031e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-235ENST00000476995 766 ntTSL 58.51□□□□□ -1.051e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-220ENST00000440945 2658 ntTSL 1 (best)7.96□□□□□ -1.141e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-232ENST00000474465 625 ntTSL 27.08□□□□□ -1.281e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-239ENST00000484409 367 ntTSL 37.04□□□□□ -1.281e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-246ENST00000629305 7878 ntTSL 5 BASIC6.66□□□□□ -1.341e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-223ENST00000456491 466 ntTSL 46.5□□□□□ -1.371e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-217ENST00000429187 606 ntTSL 36.39□□□□□ -1.391e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-212ENST00000425040 588 ntTSL 46.23□□□□□ -1.411e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-226ENST00000464402 529 ntTSL 46.23□□□□□ -1.411e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-207ENST00000421433 564 ntTSL 55.23□□□□□ -1.571e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-236ENST00000482666 1261 ntTSL 1 (best)4.99□□□□□ -1.611e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-243ENST00000490229 863 ntTSL 54.6□□□□□ -1.671e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-244ENST00000490612 567 ntTSL 44.58□□□□□ -1.681e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-238ENST00000483164 577 ntTSL 54.41□□□□□ -1.71e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-233ENST00000475359 825 ntTSL 24.35□□□□□ -1.711e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-241ENST00000488734 796 ntTSL 34.3□□□□□ -1.721e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-227ENST00000464805 1196 ntTSL 1 (best)3.91□□□□□ -1.781e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-245ENST00000492910 685 ntTSL 23.79□□□□□ -1.81e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-240ENST00000488629 562 ntTSL 43.28□□□□□ -1.881e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 GIGYF2-242ENST00000489328 1116 ntTSL 52.23□□□□□ -2.051e-7■■■□□ 15
CDC40O60508 LZTS2-205ENST00000454422 804 ntTSL 228.8■■■□□ 2.25e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.65e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-207ENST00000489526 802 ntTSL 218.02■□□□□ 0.485e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.285e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-204ENST00000429732 701 ntTSL 516.33■□□□□ 0.25e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-203ENST00000426584 816 ntTSL 315.17■□□□□ 0.025e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 LZTS2-206ENST00000481129 745 ntTSL 313.1□□□□□ -0.315e-7■■■□□ 14.9
CDC40O60508 RRBP1-201ENST00000246043 4737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.411e-6■■■□□ 14.9
CDC40O60508 RRBP1-210ENST00000610403 3309 ntTSL 5 BASIC10.69□□□□□ -0.71e-6■■■□□ 14.9
CDC40O60508 ASPSCR1-216ENST00000583503 641 ntTSL 316.58■□□□□ 0.243e-13■■■□□ 14.9
CDC40O60508 MAT2A-201ENST00000306434 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.67□□□□□ -1.023e-6■■■□□ 14.9
CDC40O60508 SRRM2-222ENST00000575009 1146 ntTSL 524.09■■□□□ 1.456e-8■■■□□ 14.9
CDC40O60508 SRRM2-229ENST00000576894 2210 ntTSL 1 (best)18.72■□□□□ 0.596e-8■■■□□ 14.9
CDC40O60508 SRRM2-230ENST00000576924 3314 ntTSL 1 (best)15.5■□□□□ 0.076e-8■■■□□ 14.9
CDC40O60508 SRRM2-208ENST00000571378 2870 ntTSL 1 (best)13.38□□□□□ -0.276e-8■■■□□ 14.9
CDC40O60508 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.356e-8■■■□□ 14.9
CDC40O60508 RPL3-203ENST00000402527 1205 ntTSL 516.74■□□□□ 0.277e-7■■■□□ 14.8
CDC40O60508 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.257e-7■■■□□ 14.8
CDC40O60508 RPL3-211ENST00000465618 2108 ntTSL 1 (best)13.23□□□□□ -0.297e-7■■■□□ 14.8
CDC40O60508 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.327e-7■■■□□ 14.8
CDC40O60508 NEU4-215ENST00000488997 541 ntTSL 420.14■□□□□ 0.811e-6■■■□□ 14.8
CDC40O60508 NEU4-212ENST00000435894 484 ntTSL 419.49■□□□□ 0.711e-6■■■□□ 14.8
CDC40O60508 BCAR1-210ENST00000561970 594 ntTSL 427.07■■□□□ 1.924e-7■■■□□ 14.8
Retrieved 100 of 5,364 protein–RNA pairs in 69.1 ms