Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM40Q6P9F5 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM40Q6P9F5 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.1 ms