Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 ENDOV-203ENST00000517795 2548 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.223e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ENDOV-216ENST00000520565 433 ntTSL 59.31□□□□□ -0.923e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.513e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PARD6G-AS1-201ENST00000585422 525 ntTSL 413.98□□□□□ -0.172e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PARD6G-AS1-203ENST00000587254 584 ntTSL 413.98□□□□□ -0.172e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.292e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PARD6G-AS1-202ENST00000586421 3333 ntTSL 2 BASIC10.91□□□□□ -0.662e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-203ENST00000563367 891 ntTSL 326.85■■□□□ 1.896e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-208ENST00000565379 911 ntTSL 224.92■■□□□ 1.586e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-209ENST00000566600 913 ntTSL 224.89■■□□□ 1.586e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-202ENST00000561637 1014 ntTSL 223.92■■□□□ 1.426e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-206ENST00000564252 599 ntTSL 222.7■■□□□ 1.226e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-210ENST00000567271 752 ntTSL 220.55■□□□□ 0.886e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 RPL8-203ENST00000525232 1007 ntTSL 1 (best)19.85■□□□□ 0.776e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.756e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-207ENST00000564628 811 ntTSL 517.85■□□□□ 0.456e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.446e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-205ENST00000563854 583 ntTSL 516.83■□□□□ 0.286e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.156e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 SLC17A9-206ENST00000487303 507 ntTSL 215.84■□□□□ 0.131e-9■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.126e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.026e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 RPL8-210ENST00000531767 570 ntTSL 514.87□□□□□ -0.036e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 NME3-211ENST00000568561 813 ntTSL 1 (best)14.72□□□□□ -0.056e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 RPL8-212ENST00000532702 745 ntTSL 214.64□□□□□ -0.076e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ARAP1-215ENST00000542264 271 ntTSL 310.16□□□□□ -0.786e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 CDHR3-212ENST00000487084 834 ntTSL 321.31■■□□□ 11e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 CDHR3-207ENST00000470188 2199 ntTSL 220.96■□□□□ 0.951e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 CDHR3-210ENST00000474330 1603 ntTSL 520.28■□□□□ 0.841e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 WDR59-219ENST00000569549 934 ntTSL 57.83□□□□□ -1.161e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 CDHR3-213ENST00000488386 540 ntTSL 35.53□□□□□ -1.521e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.846e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.746e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 COX20-205ENST00000498262 2290 ntTSL 218.1■□□□□ 0.496e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 COX20-202ENST00000391839 1005 ntTSL 1 (best)13.81□□□□□ -0.26e-8■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMYM2-204ENST00000382881 1912 ntTSL 224.12■■□□□ 1.452e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.191e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-206ENST00000441627 5089 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.151e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-215ENST00000615423 2772 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.221e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-201ENST00000265346 3643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.53□□□□□ -0.561e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-205ENST00000433667 3800 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.571e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMIZ2-203ENST00000413916 3773 ntTSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.691e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMYM2-202ENST00000382871 5051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.38□□□□□ -1.232e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMYM2-210ENST00000610343 10200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.04□□□□□ -1.282e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 ZMYM2-203ENST00000382874 10139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.02□□□□□ -1.932e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.65e-7■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 EIF4G1-208ENST00000413967 2808 ntTSL 217.08■□□□□ 0.331e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.325e-7■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 EIF4G1-213ENST00000426123 2907 ntTSL 216.4■□□□□ 0.221e-6■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 PNN-201ENST00000216832 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.87□□□□□ -1.155e-7■□□□□ 8.9
PRPF4O43172 RREB1-205ENST00000467782 243 ntTSL 515.38■□□□□ 0.058e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 RREB1-206ENST00000471433 1021 ntTSL 512.64□□□□□ -0.398e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 RREB1-209ENST00000491191 998 ntTSL 512.64□□□□□ -0.398e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 RREB1-207ENST00000475946 9067 ntTSL 1 (best)8.89□□□□□ -0.998e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ABCC2-202ENST00000370449 5312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.03□□□□□ -0.87e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.092e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 MCL1-204ENST00000620947 3626 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.232e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-210ENST00000417080 2113 ntTSL 1 (best)11.64□□□□□ -0.552e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-207ENST00000409833 1335 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.582e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-216ENST00000435231 784 ntTSL 511.02□□□□□ -0.652e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-219ENST00000456655 1861 ntTSL 1 (best)9.91□□□□□ -0.822e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-209ENST00000415955 1896 ntTSL 1 (best)9.13□□□□□ -0.952e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-206ENST00000409635 2109 ntTSL 5 BASIC8.95□□□□□ -0.982e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-218ENST00000445349 483 ntTSL 48.47□□□□□ -1.052e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-203ENST00000392544 1919 ntTSL 1 (best) BASIC7.97□□□□□ -1.132e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-214ENST00000429579 2081 ntTSL 1 (best)7.58□□□□□ -1.22e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-213ENST00000428760 1989 ntTSL 1 (best)7.24□□□□□ -1.252e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-211ENST00000421438 1966 ntTSL 1 (best)6.9□□□□□ -1.32e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-217ENST00000437522 883 ntTSL 56.52□□□□□ -1.372e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-205ENST00000409499 801 ntTSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.432e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-212ENST00000426833 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.492e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-202ENST00000345739 4079 ntTSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.522e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ATF2-201ENST00000264110 4176 ntTSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.532e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.525e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.325e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ACTN4-208ENST00000497637 877 ntTSL 219.94■□□□□ 0.785e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ACTN4-204ENST00000440400 3180 ntTSL 513.55□□□□□ -0.245e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-204ENST00000404824 2236 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.355e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-208ENST00000617249 2344 ntTSL 5 BASIC12.59□□□□□ -0.395e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-202ENST00000381611 2534 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.715e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PDIA6-203ENST00000404371 2682 ntTSL 2 BASIC10.44□□□□□ -0.745e-11■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.053e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.763e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.23e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-203ENST00000394926 1947 ntTSL 5 BASIC10.02□□□□□ -0.813e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-207ENST00000484973 1711 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.88□□□□□ -0.833e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-202ENST00000374710 7664 ntTSL 2 BASIC9.12□□□□□ -0.953e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 FSD1L-205ENST00000480279 566 ntTSL 33.16□□□□□ -1.93e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 EIF3B-207ENST00000465670 2766 ntTSL 215.31■□□□□ 0.042e-7■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 EIF3B-210ENST00000468611 1868 ntTSL 214.86□□□□□ -0.032e-7■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 HUWE1-214ENST00000612484 14311 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.532e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 LIMK2-206ENST00000462625 1042 ntTSL 222.11■■□□□ 1.131e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.141e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 LIMK2-201ENST00000331728 3670 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.941e-6■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PPAN-204ENST00000444703 757 ntTSL 324.99■■□□□ 1.594e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.54e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.044e-8■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ING5-206ENST00000482774 2376 ntTSL 319.15■□□□□ 0.666e-7■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.526e-7■□□□□ 8.8
PRPF4O43172 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.336e-7■□□□□ 8.8
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 250.2 ms