Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 NEAT1-205ENST00000616315 483 ntTSL 2 BASIC4.47□□□□□ -1.691e-323■□□□□ 8.6
PRPF4O43172 SPOPL-203ENST00000430968 558 ntTSL 523.35■■□□□ 1.335e-77■■■■■ 82.9
PRPF4O43172 NEAT1-204ENST00000612303 572 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.284e-64■□□□□ 10.2
PRPF4O43172 NEAT1_1.1-201ENST00000620348 120 ntBASIC11.01□□□□□ -0.657e-64■■□□□ 13
PRPF4O43172 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.115e-59■■■■□ 26.5
PRPF4O43172 HNRNPH1-201ENST00000329433 2114 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.095e-59■■■■□ 26.5
PRPF4O43172 HNRNPH1-216ENST00000510411 2105 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.165e-59■■■■□ 26.5
PRPF4O43172 HNRNPH1-218ENST00000510678 1996 ntTSL 513.98□□□□□ -0.175e-59■■■■□ 26.5
PRPF4O43172 HNRNPH1-249ENST00000524180 997 ntTSL 513.59□□□□□ -0.235e-59■■■■□ 26.5
PRPF4O43172 AKAP11-201ENST00000025301 9920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.662e-55■■■■■ 171.7
PRPF4O43172 NEAT1-201ENST00000499732 1811 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.048e-50■■■□□ 17.5
PRPF4O43172 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC13.81□□□□□ -0.28e-50■■■□□ 18.3
PRPF4O43172 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.255e-49■■□□□ 12.1
PRPF4O43172 SNHG25-201ENST00000580828 106 ntTSL 211.6□□□□□ -0.555e-49■■□□□ 12.1
PRPF4O43172 NEAT1-202ENST00000501122 22743 ntBASIC4.72□□□□□ -1.657e-48■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 SCARNA18.1-201ENST00000516330 83 ntBASIC5.78□□□□□ -1.481e-47■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 PIK3CB-208ENST00000477593 4658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.34□□□□□ -1.238e-47■■■■■ 45.9
PRPF4O43172 EIF6-205ENST00000440766 798 ntTSL 215.47■□□□□ 0.076e-43■■■■■ 28.6
PRPF4O43172 AHSA2-204ENST00000463681 453 ntTSL 522.28■■□□□ 1.167e-41■□□□□ 9
PRPF4O43172 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.111e-39■□□□□ 8.7
PRPF4O43172 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC16.1■□□□□ 0.172e-38■■■■■ 29.7
PRPF4O43172 PIK3CB-202ENST00000461451 667 ntTSL 222.71■■□□□ 1.231e-36■■■■■ 39.6
PRPF4O43172 PIK3CB-210ENST00000483968 721 ntTSL 321.38■■□□□ 1.011e-36■■■■■ 39.6
PRPF4O43172 PIK3CB-204ENST00000462898 4747 ntTSL 517.5■□□□□ 0.391e-36■■■■■ 39.6
PRPF4O43172 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.075e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.245e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-215ENST00000556587 1863 ntTSL 1 (best)13.25□□□□□ -0.295e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-205ENST00000553635 1412 ntTSL 2 BASIC12.2□□□□□ -0.465e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-212ENST00000556184 2443 ntTSL 1 (best)11.3□□□□□ -0.65e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-208ENST00000554929 947 ntTSL 210.61□□□□□ -0.715e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-217ENST00000557154 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.41□□□□□ -0.95e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-216ENST00000556647 644 ntTSL 29.05□□□□□ -0.965e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 58.96□□□□□ -0.975e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)8.24□□□□□ -1.095e-36■■■■□ 24
PRPF4O43172 HSP90B1-202ENST00000540297 590 ntTSL 318.88■□□□□ 0.618e-35■■■□□ 14.8
PRPF4O43172 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC17.15■□□□□ 0.348e-35■■■□□ 14.8
PRPF4O43172 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.338e-35■■■□□ 14.8
PRPF4O43172 HSP90B1-205ENST00000549334 581 ntTSL 416.5■□□□□ 0.238e-35■■■□□ 14.8
PRPF4O43172 HSP90B1-204ENST00000548622 839 ntTSL 216.39■□□□□ 0.218e-35■■■□□ 14.8
PRPF4O43172 AES-204ENST00000585782 505 ntTSL 213.95□□□□□ -0.181e-33■■■■■ 30.3
PRPF4O43172 FKBP10-204ENST00000464180 1129 ntTSL 219.76■□□□□ 0.754e-33■■■□□ 16.9
PRPF4O43172 MT-ND6-201ENST00000361681 525 ntAPPRIS P1 BASIC11.94□□□□□ -0.57e-33■■□□□ 12
PRPF4O43172 ATXN2L-221ENST00000566946 2162 ntTSL 1 (best)20.79■□□□□ 0.921e-32■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 ATXN2L-208ENST00000562583 1933 ntTSL 1 (best)17.58■□□□□ 0.41e-32■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 ATXN2L-213ENST00000564162 770 ntTSL 516.67■□□□□ 0.261e-32■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 ATXN2L-219ENST00000566007 471 ntTSL 38.7□□□□□ -1.021e-32■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 METTL12-202ENST00000529868 2870 ntTSL 1 (best)15.93■□□□□ 0.141e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-203ENST00000532971 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.161e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-201ENST00000398922 1368 ntTSL 413.29□□□□□ -0.281e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-204ENST00000594728 376 nt6.15□□□□□ -1.421e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.644e-31■■■■□ 19.9
PRPF4O43172 PHF10-204ENST00000480008 4285 ntTSL 1 (best)17.43■□□□□ 0.384e-31■■■■□ 19.9
PRPF4O43172 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.144e-31■■■■□ 19.9
PRPF4O43172 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.37e-31■□□□□ 11.2
PRPF4O43172 STX16-213ENST00000467096 942 ntTSL 1 (best)12.7□□□□□ -0.381e-30■□□□□ 8.2
PRPF4O43172 STX16-219ENST00000496003 815 ntTSL 512.02□□□□□ -0.491e-30■□□□□ 8.2
PRPF4O43172 STX16-206ENST00000371132 4552 ntTSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.731e-30■□□□□ 8.2
PRPF4O43172 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.45e-29■■■■■ 32.8
PRPF4O43172 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC16.14■□□□□ 0.172e-28■■□□□ 12.1
PRPF4O43172 MGRN1-212ENST00000590457 552 ntTSL 310.83□□□□□ -0.687e-28■■■■■ 89.9
PRPF4O43172 MGRN1-207ENST00000587145 577 ntTSL 410.83□□□□□ -0.687e-28■■■■■ 89.9
PRPF4O43172 AC010522.1-201ENST00000597134 540 ntTSL 317.59■□□□□ 0.411e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 AC010522.1-202ENST00000593873 556 ntTSL 417.1■□□□□ 0.331e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.331e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 AC010522.1-204ENST00000603271 580 ntTSL 217.1■□□□□ 0.331e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.091e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 AC010522.1-203ENST00000596498 769 ntTSL 314.96□□□□□ -0.011e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 AC010522.1-206ENST00000604231 576 ntTSL 411.64□□□□□ -0.551e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 ZNF587-201ENST00000339656 6882 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.551e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 ZNF587-202ENST00000419854 5731 ntTSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.611e-27■■■■□ 24.6
PRPF4O43172 WDR20-213ENST00000557485 491 ntTSL 318.36■□□□□ 0.532e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.392e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-209ENST00000556094 785 ntTSL 317.17■□□□□ 0.342e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.192e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.142e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.132e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-204ENST00000342702 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.562e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-220ENST00000561154 541 ntTSL 410.61□□□□□ -0.712e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-210ENST00000556511 2117 ntTSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.732e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-207ENST00000555879 2175 ntTSL 210.35□□□□□ -0.752e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-201ENST00000299135 2198 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.752e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-216ENST00000558567 586 ntTSL 5 BASIC10.26□□□□□ -0.772e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-206ENST00000454394 2067 ntTSL 2 BASIC9.64□□□□□ -0.872e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 WDR20-212ENST00000557186 631 ntTSL 38.34□□□□□ -1.072e-27■■■■□ 26.3
PRPF4O43172 TF-201ENST00000402696 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.399e-27■■■□□ 18.9
PRPF4O43172 TF-204ENST00000461695 990 ntTSL 39.76□□□□□ -0.859e-27■■■□□ 18.9
PRPF4O43172 TF-207ENST00000467842 4602 ntTSL 1 (best)7.17□□□□□ -1.269e-27■■■□□ 18.9
PRPF4O43172 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.552e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 PRPF19-202ENST00000535326 779 ntTSL 513.22□□□□□ -0.292e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 PRPF19-205ENST00000540473 169 ntTSL 56.16□□□□□ -1.422e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 EPS8L2-221ENST00000531471 448 ntTSL 321.17■□□□□ 0.988e-26■■■■■ 30.3
PRPF4O43172 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.061e-25■■■■■ 30
PRPF4O43172 EPS8L2-222ENST00000532545 419 ntTSL 321.53■■□□□ 1.042e-25■■■■■ 27.8
PRPF4O43172 RPS21-202ENST00000370562 1002 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.512e-25■■■■□ 21
PRPF4O43172 APOL1-203ENST00000397279 1564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.22□□□□□ -0.937e-25■□□□□ 9.2
PRPF4O43172 MIR210-201ENST00000362168 110 ntBASIC9.66□□□□□ -0.862e-24■■■■■ 62.2
PRPF4O43172 NDRG1-217ENST00000521414 2349 ntTSL 215.26■□□□□ 0.032e-24■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 NDRG1-216ENST00000521026 2145 ntTSL 214.75□□□□□ -0.052e-24■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 NDRG1-218ENST00000521438 2810 ntTSL 210.14□□□□□ -0.792e-24■□□□□ 11.1
PRPF4O43172 NDRG1-212ENST00000519278 3983 ntTSL 210.12□□□□□ -0.792e-24■□□□□ 11.1
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 65.9 ms