Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SKA1Q96BD8 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SKA1Q96BD8 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA1Q96BD8 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms