Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
COL4A4P53420 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL4A4P53420 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL4A4P53420 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms