Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL6A3P12111 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A3P12111 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A3P12111 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A3P12111 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A3P12111 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A3P12111 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A3P12111 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL6A3P12111 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms