RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000583667.1

GGA3-217, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, humanhuman

TSL 4

Gene GGA3, Length 531 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GGA3-217ENST00000583667 NISCHQ9Y2I1 1504 aa28.23■■■□□ 2.11
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GGA3-217ENST00000583667 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa25.66■■□□□ 1.7
GGA3-217ENST00000583667 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa24.95■■□□□ 1.58
GGA3-217ENST00000583667 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.81■■□□□ 1.56
GGA3-217ENST00000583667 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa24.64■■□□□ 1.54
GGA3-217ENST00000583667 NACADO15069 1562 aa24.55■■□□□ 1.52
GGA3-217ENST00000583667 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.35■■□□□ 1.49
GGA3-217ENST00000583667 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.33■■□□□ 1.49
GGA3-217ENST00000583667 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.31■■□□□ 1.48
GGA3-217ENST00000583667 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.18■■□□□ 1.46
GGA3-217ENST00000583667 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.06■■□□□ 1.44
GGA3-217ENST00000583667 MYO15BQ96JP2 1530 aa23.89■■□□□ 1.42
GGA3-217ENST00000583667 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.81■■□□□ 1.4
GGA3-217ENST00000583667 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.77■■□□□ 1.4
GGA3-217ENST00000583667 CUX2O14529 1486 aa23.4■■□□□ 1.34
GGA3-217ENST00000583667 SCRIBQ14160 1630 aa23.36■■□□□ 1.33
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GGA3-217ENST00000583667 ERCC6Q03468 1493 aa23.11■■□□□ 1.29
GGA3-217ENST00000583667 NCAPD3P42695 1498 aa22.74■■□□□ 1.23
GGA3-217ENST00000583667 NESP48681 1621 aa22.7■■□□□ 1.22
GGA3-217ENST00000583667 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.59■■□□□ 1.21
GGA3-217ENST00000583667 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.52■■□□□ 1.2
GGA3-217ENST00000583667 HMGXB3Q12766 1538 aa22.4■■□□□ 1.18
GGA3-217ENST00000583667 SMARCA2P51531 1590 aa22.38■■□□□ 1.17
GGA3-217ENST00000583667 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.31■■□□□ 1.16
GGA3-217ENST00000583667 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.27■■□□□ 1.16
GGA3-217ENST00000583667 OSCARQ8IYS5 282 aa22.27■■□□□ 1.16
GGA3-217ENST00000583667 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.27■■□□□ 1.16
GGA3-217ENST00000583667 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
GGA3-217ENST00000583667 SMARCA4P51532 1647 aa22.19■■□□□ 1.14
GGA3-217ENST00000583667 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.18■■□□□ 1.14
GGA3-217ENST00000583667 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.11■■□□□ 1.13
GGA3-217ENST00000583667 WDR62O43379 1518 aa22.07■■□□□ 1.12
GGA3-217ENST00000583667 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.01■■□□□ 1.11
GGA3-217ENST00000583667 PEG3Q9GZU2 1588 aa21.99■■□□□ 1.11
GGA3-217ENST00000583667 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.98■■□□□ 1.11
GGA3-217ENST00000583667 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.98■■□□□ 1.11
GGA3-217ENST00000583667 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.98■■□□□ 1.11
GGA3-217ENST00000583667 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP21.95■■□□□ 1.1
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GGA3-217ENST00000583667 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.83■■□□□ 1.09
GGA3-217ENST00000583667 ARHGEF11O15085 1522 aa21.83■■□□□ 1.09
GGA3-217ENST00000583667 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.81■■□□□ 1.08
GGA3-217ENST00000583667 MROH2BQ7Z745 1585 aa21.76■■□□□ 1.07
GGA3-217ENST00000583667 FANCD2Q9BXW9 1451 aa21.73■■□□□ 1.07
GGA3-217ENST00000583667 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.62■■□□□ 1.05
GGA3-217ENST00000583667 ARAP1Q96P48 1450 aa21.57■■□□□ 1.04
GGA3-217ENST00000583667 CFTRP13569 1480 aa21.53■■□□□ 1.04
GGA3-217ENST00000583667 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.53■■□□□ 1.04
GGA3-217ENST00000583667 IFT140Q96RY7 1462 aa21.43■■□□□ 1.02
GGA3-217ENST00000583667 WIZO95785 1651 aa21.41■■□□□ 1.02
GGA3-217ENST00000583667 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
GGA3-217ENST00000583667 FBLN2P98095 1184 aa21.31■■□□□ 1
GGA3-217ENST00000583667 CHD1O14646 1710 aa21.28■■□□□ 1
GGA3-217ENST00000583667 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.27■■□□□ 1
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GGA3-217ENST00000583667 TOPBP1Q92547 1522 aa21.2■□□□□ 0.98
GGA3-217ENST00000583667 ABCC8Q09428 1581 aa21.08■□□□□ 0.97
GGA3-217ENST00000583667 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.07■□□□□ 0.96
GGA3-217ENST00000583667 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.07■□□□□ 0.96
GGA3-217ENST00000583667 PRDM2Q13029 1718 aa21.07■□□□□ 0.96
GGA3-217ENST00000583667 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP21.05■□□□□ 0.96
GGA3-217ENST00000583667 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP21.02■□□□□ 0.96
GGA3-217ENST00000583667 DNMBPQ6XZF7 1577 aa20.99■□□□□ 0.95
GGA3-217ENST00000583667 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP20.98■□□□□ 0.95
GGA3-217ENST00000583667 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP20.97■□□□□ 0.95
GGA3-217ENST00000583667 GAPVD1Q14C86 1478 aa20.96■□□□□ 0.95
GGA3-217ENST00000583667 SYNJ1O43426 1573 aa20.93■□□□□ 0.94
GGA3-217ENST00000583667 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP20.93■□□□□ 0.94
GGA3-217ENST00000583667 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa20.93■□□□□ 0.94
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GGA3-217ENST00000583667 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa20.9■□□□□ 0.94
GGA3-217ENST00000583667 SOGA1O94964 1423 aa20.86■□□□□ 0.93
GGA3-217ENST00000583667 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa20.84■□□□□ 0.93
GGA3-217ENST00000583667 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP20.81■□□□□ 0.92
GGA3-217ENST00000583667 SYNJ2O15056 1496 aa20.78■□□□□ 0.92
GGA3-217ENST00000583667 GRIN2BQ13224 1484 aa20.75■□□□□ 0.91
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GGA3-217ENST00000583667 FAM69CQ0P6D2 419 aa20.6■□□□□ 0.89
GGA3-217ENST00000583667 CEP170Q5SW79 1584 aa20.55■□□□□ 0.88
GGA3-217ENST00000583667 ABCC10Q5T3U5 1492 aa20.52■□□□□ 0.88
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GGA3-217ENST00000583667 CUX1P39880 1505 aa20.48■□□□□ 0.87
GGA3-217ENST00000583667 GRIN2AQ12879 1464 aa20.47■□□□□ 0.87
GGA3-217ENST00000583667 KDM6BO15054 1643 aa20.46■□□□□ 0.87
GGA3-217ENST00000583667 NUP160Q12769 1436 aa20.45■□□□□ 0.86
GGA3-217ENST00000583667 SHROOM2Q13796 1616 aa20.42■□□□□ 0.86
GGA3-217ENST00000583667 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP20.41■□□□□ 0.86
GGA3-217ENST00000583667 DIP2BQ9P265 1576 aa20.38■□□□□ 0.85
GGA3-217ENST00000583667 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa20.37■□□□□ 0.85
GGA3-217ENST00000583667 HECW2Q9P2P5 1572 aa20.36■□□□□ 0.85
GGA3-217ENST00000583667 MAPKBP1O60336 1514 aa20.36■□□□□ 0.85
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