RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	LRRC37A3	O60309	1634 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	RLBP1	P12271	317 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC6	O95255	1503 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		10.51	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	FAM83G	A6ND36	823 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	FOXO3	O43524	673 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	STK31	Q9BXU1	1019 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM94	Q12767	1356 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	CRB1	P82279	1406 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	NCAPD2	Q15021	1401 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	CACNA1F	O60840	1977 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	GC	P02774	474 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	RGS3	P49796	1198 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	MCM10	Q7L590	875 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ORAI2	Q96SN7	254 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ALS2	Q96Q42	1657 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC4	O15439	1325 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	USP19	O94966	1318 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	IGHD	P01880	384 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	DCTN1	Q14203	1278 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	GCC1	Q96CN9	775 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	TSPYL6	Q8N831	410 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-231	ENST00000640501	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		10.46	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	HOXB7	P09629	217 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	TEF	Q10587	303 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	SMC5	Q8IY18	1101 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	HMMR	O75330	724 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	TNN	Q9UQP3	1299 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	SLC4A2	P04920	1241 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	NBPF4	Q96M43	638 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	SPG7	Q9UQ90	795 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	GNAI3	P08754	354 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	NUCB1	Q02818	461 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	C8orf34	Q49A92	452 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	CPD	O75976	1380 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	ERBB3	P21860	1342 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	STRC	Q7RTU9	1775 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	BECN1	Q14457	450 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	PXDN	Q92626	1479 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-231	ENST00000640501	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.75
PNKP-231	ENST00000640501	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-231	ENST00000640501	BTBD11	A6QL63	1104 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-231	ENST00000640501	HSPA2	P54652	639 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-231	ENST00000640501	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75

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