RNA–Protein interactions for RNA: YOL013C

HRD1, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene HRD1, Length 1,656 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
HRD1	YOL013C	FOX2	Q02207	900 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
HRD1	YOL013C	HEH2	Q03281	663 aa		4.9	□□□□□ -1.62
HRD1	YOL013C	GPM1	P00950	247 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	NCL1	P38205	684 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	QDR2	P40474	542 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	THI72	Q08579	599 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	PHM7	Q12252	991 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	TY1A-DR2	Q03964	440 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	RPC31	P17890	251 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	VMA3	P25515	160 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	ISC10	P32645	267 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	MSC7	P38694	644 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	APM2	P38700	605 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	DYS1	P38791	387 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	NSG2	P53898	299 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	PNP1	Q05788	311 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	RRN6	P32786	894 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	MDJ1	P35191	511 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	LDH1	P38139	375 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	PDC5	P16467	563 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	RPL34A	P87262	121 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	MTC5	Q03897	1148 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	MET1	P36150	593 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	YFL066C	P43538	392 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	YNR014W	P53719	212 aa		4.85	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	YOR296W	Q08748	1289 aa		4.85	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	GIP1	P38229	639 aa		4.84	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	YBR287W	P38355	427 aa		4.84	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	YNR040W	P53736	256 aa		4.84	□□□□□ -1.63
HRD1	YOL013C	FUR4	P05316	633 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	TPS3	P38426	1054 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	ISW1	P38144	1129 aa		4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	BOI2	P39969	1040 aa		4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	PRK1	P40494	810 aa		4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	SBE2	P42223	864 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	FIR1	P40020	876 aa		4.82	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	TDA6	Q06466	467 aa		4.82	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	MSN1	P22148	382 aa		4.81	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	NAB2	P32505	525 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.81	□□□□□ -1.64	RIP-Chip
HRD1	YOL013C	HXT8	P40886	569 aa		4.81	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	ITC1	P53125	1264 aa		4.81	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	LSO1	Q3E827	93 aa		4.81	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	MCX1	P38323	520 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	BSD2	P38356	321 aa		4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	YER156C	P40093	338 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	NOP7	P53261	605 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	YMR187C	Q03236	431 aa		4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	APC11	Q12157	165 aa		4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	YPR053C	Q6Q5F3	151 aa		4.8	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	IDI1	P15496	288 aa		4.79	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	SUT1	P53032	299 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	RSC2	Q06488	889 aa		4.79	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	NHA1	Q99271	985 aa		4.79	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	BOI1	P38041	980 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	ALG14	P38242	237 aa		4.78	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	BOL3	P39724	118 aa		4.78	□□□□□ -1.64
HRD1	YOL013C	SMC1	P32908	1225 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	PGM2	P37012	569 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	PAM1	P37304	830 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	YIL165C	P40446	119 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	LSB3	P43603	459 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	KAR5	Q04746	504 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	AIM46	P38885	310 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	NTA1	P40354	457 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	GIS4	Q04233	774 aa		4.77	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	NAR1	P23503	491 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SKN7	P38889	622 aa		4.76	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	RGD2	P43556	714 aa		4.76	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	RAD55	P38953	406 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	EMG1	Q06287	252 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	MRP10	O75012	95 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	RPB10	P22139	70 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	KTR2	P33550	425 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	GLO3	P38682	493 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	MET10	P39692	1035 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	PPT1	P53043	513 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SEN54	Q02825	467 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SLP1	Q12232	587 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	IRS4	P36115	615 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	CCT8	P47079	568 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	YDR215C	Q12240	137 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	YCK2	P23292	546 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SLD2	P34252	453 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	QDR1	P40475	563 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	YJL181W	P46987	611 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	ATG1	P53104	897 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	TAT1	P38085	619 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	PSY2	P40164	858 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	ACF4	P47129	309 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	UFD2	P54860	961 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	TIF6	Q12522	245 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HRD1	YOL013C	SLN1	P39928	1220 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HRD1	YOL013C	INP51	P40559	946 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HRD1	YOL013C	RRM3	P38766	723 aa		4.7	□□□□□ -1.66

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