RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514305.5

USP53-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 53, human

TSL 2

Gene USP53, Length 504 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP53-208	ENST00000514305	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	29.19	■■■□□ 2.26
USP53-208	ENST00000514305	LRP6	O75581	1613 aa		29.19	■■■□□ 2.26
USP53-208	ENST00000514305	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		29.17	■■■□□ 2.26
USP53-208	ENST00000514305	IFT172	Q9UG01	1749 aa		29.16	■■■□□ 2.26
USP53-208	ENST00000514305	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		29.15	■■■□□ 2.26
USP53-208	ENST00000514305	RGL3	Q3MIN7	710 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	29.11	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		29.09	■■■□□ 2.25
USP53-208	ENST00000514305	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	29.06	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	NEUROD1	Q13562	356 aa		29.05	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	STAC3	Q96MF2	364 aa		29.05	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	LAMC1	P11047	1609 aa		29.05	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		29.03	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		29.02	■■■□□ 2.24
USP53-208	ENST00000514305	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	PIK3C2G	O75747	1445 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	ORAI2	Q96SN7	254 aa		29	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	STK26	Q9P289	416 aa		29	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	TECPR2	O15040	1411 aa		29	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	28.98	■■■□□ 2.23
USP53-208	ENST00000514305	ABCC11	Q96J66	1382 aa		28.95	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	AFF2	P51816	1311 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	28.94	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	TONSL	Q96HA7	1378 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	RXRB	P28702	533 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	C8orf37	Q96NL8	207 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	MYOM2	P54296	1465 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	28.91	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	SLC4A2	P04920	1241 aa		28.9	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		28.9	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		28.9	■■■□□ 2.22
USP53-208	ENST00000514305	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		28.88	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		28.87	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	28.86	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		28.86	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	ADAMTS2	O95450	1211 aa		28.85	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		28.85	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	NUTM2F	A1L443	756 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	NGLY1	Q96IV0	654 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	KIF1A	Q12756	1690 aa		28.83	■■■□□ 2.21
USP53-208	ENST00000514305	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		28.82	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	PXDN	Q92626	1479 aa		28.82	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	FOXO3	O43524	673 aa		28.81	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	SIRT1	Q96EB6	747 aa		28.81	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	28.77	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
USP53-208	ENST00000514305	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	28.76	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	DLC1	Q96QB1	1528 aa		28.74	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	PRAM1	Q96QH2	718 aa		28.73	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	USP21	Q9UK80	565 aa		28.73	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	28.72	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	28.71	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	POGK	Q9P215	609 aa		28.71	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	RGS12	O14924	1447 aa		28.7	■■■□□ 2.19
USP53-208	ENST00000514305	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	28.69	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	28.69	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	ADGRB1	O14514	1584 aa		28.69	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	ADGRB2	O60241	1585 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		28.66	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	PSME1	Q06323	249 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		28.64	■■■□□ 2.18
USP53-208	ENST00000514305	ATRN	O75882	1429 aa		28.61	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		28.61	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		28.6	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	USP32	Q8NFA0	1604 aa		28.6	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	28.59	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	28.59	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	28.58	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	28.58	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		28.58	■■■□□ 2.17
USP53-208	ENST00000514305	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	28.56	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	SBNO1	A3KN83	1393 aa		28.55	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	28.55	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	ARHGEF10	O15013	1369 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		28.54	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		28.53	■■■□□ 2.16
USP53-208	ENST00000514305	ABCA3	Q99758	1704 aa		28.52	■■■□□ 2.16

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