RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477970.1

PTPRF-212, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRF, Length 3,321 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-212ENST00000477970 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 RCAN3Q9UKA8 241 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 ZNF521Q96K83 1311 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 NINLQ9Y2I6 1382 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 ARHGAP23Q9P227 1491 aa16.24■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 MED14O60244 1454 aa16.23■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 CHGAP10645 457 aaKnown RBP16.23■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 CARD14Q9BXL6 1004 aa16.23■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 SHPRHQ149N8 1683 aa16.23■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 ADAMTS8Q9UP79 889 aa16.22■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 NSD2O96028 1365 aa16.22■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP16.22■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 PLPPR3Q6T4P5 718 aa16.22■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 IDI1Q13907 227 aa16.21■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 MYT1Q01538 1121 aa16.21■□□□□ 0.19
PTPRF-212ENST00000477970 DMRT2Q9Y5R5 561 aa16.21■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa16.2■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 HSPA2P54652 639 aa16.2■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 NSD3Q9BZ95 1437 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 DLC1Q96QB1 1528 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 TRAK1Q9UPV9 953 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 EVC2Q86UK5 1308 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 FANCIQ9NVI1 1328 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 ALKQ9UM73 1620 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 CDCA7LQ96GN5 454 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-212ENST00000477970 CCDC136Q96JN2 1154 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM132EQ6IEE7 984 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 IQSEC2Q5JU85 1478 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 LTBP4Q8N2S1 1624 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 CGNL1Q0VF96 1302 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 DUSP27Q5VZP5 1158 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 ATAD2Q6PL18 1390 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 GOLGA2Q08379 1002 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 KNDC1Q76NI1 1749 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 ABCC11Q96J66 1382 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 SLFN5Q08AF3 891 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM2Q9UHN6 1383 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-212ENST00000477970 MORC1Q86VD1 984 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 ADGRB2O60241 1585 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 DIP2AQ14689 1571 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 ANKLE2Q86XL3 938 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 KIF20BQ96Q89 1820 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 CD163L1Q9NR16 1453 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 EXOC6Q8TAG9 804 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 CPS1P31327 1500 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 RIMS2Q9UQ26 1411 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 STRCP1A6NGW2 1772 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 E9PSI1 815 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 NWD1Q149M9 1564 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 A0A1W2PP64 1363 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 ATP7BP35670 1465 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 APAF1O14727 1248 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 CCDC27Q2M243 656 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-212ENST00000477970 CFAP53Q96M91 514 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 RUNDC1Q96C34 613 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 TECPR2O15040 1411 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 ANP32EQ9BTT0 268 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP16■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 CCDC146Q8IYE0 955 aa16■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 CABP2Q9NPB3 220 aa16■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 TERF2IPQ9NYB0 399 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 SIRT1Q96EB6 747 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 PRAM1Q96QH2 718 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 EID1Q9Y6B2 187 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 FAM135BQ49AJ0 1406 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 MS4A1P11836 297 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 LTKP29376 864 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 CRBNQ96SW2 442 aa15.98■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 HDGFP51858 240 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 WDR63Q8IWG1 891 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 MTHFSP49914 203 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 WWC1Q8IX03 1113 aa15.97■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 TXNDC2Q86VQ3 553 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 POGKQ9P215 609 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRF-212ENST00000477970 STAG3Q9UJ98 1225 aa15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17 ms