RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	PPL	O60437	1756 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	PIK3C2B	O00750	1634 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	MROH2A	A6NES4	1674 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	NOS1	P29475	1434 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	11.3	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	SYNM	O15061	1565 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	TMC1	Q8TDI8	760 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	TESK2	Q96S53	571 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	PIK3C2G	O75747	1445 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	ZFYVE9	O95405	1425 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	NLRP13	Q86W25	1043 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	ERVK-7	P63135	1459 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	INSR	P06213	1382 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PNKP-231	ENST00000640501	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	PANK3	Q9H999	370 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	ADGRB1	O14514	1584 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	MYOM1	P52179	1685 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	IDI1	Q13907	227 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	EVC2	Q86UK5	1308 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC184	Q52MB2	194 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PNKP-231	ENST00000640501	FKBP8	Q14318	412 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	PDE3B	Q13370	1112 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	USP32	Q8NFA0	1604 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	11.12	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	NUDC	Q9Y266	331 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	NSD2	O96028	1365 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	ZMYM3	Q14202	1370 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	MLEC	Q14165	292 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	POGK	Q9P215	609 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	ALK	Q9UM73	1620 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	DLC1	Q96QB1	1528 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PNKP-231	ENST00000640501	TNR	Q92752	1358 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	NGEF	Q8N5V2	710 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	NLRP1	Q9C000	1473 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	PPP2R1A	P30153	589 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	11.05	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	PTPRM	P28827	1452 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		11.04	□□□□□ -0.64
PNKP-231	ENST00000640501	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		11.04	□□□□□ -0.64

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