RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	NBP35	P52920	328 aa		0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	MAL13	P53338	473 aa		0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	UBC7	Q02159	165 aa		0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	YMR007W	Q03675	126 aa		0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	BER1	Q06688	274 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	VMA11	P32842	164 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	HEK2	P38199	381 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.17	□□□□□ -2.38	not detected
VAR1	Q0140	SSH1	P38353	490 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	PEX18	P38855	283 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	ICE2	P40499	491 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	YIL001W	P40560	513 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	CPD1	P53314	239 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	RCF1	Q03713	159 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	NEJ1	Q06148	342 aa		0.17	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	APE4	P38821	490 aa		0.16	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	YGL185C	P53100	379 aa		0.16	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	TIM21	P53220	239 aa		0.16	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	SWS2	P53937	143 aa		0.16	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	NSP1	P14907	823 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	EBP2	P36049	427 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YBL008W-A	Q3E821	79 aa		0.15	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	SLH1	P53327	1967 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	RPL9A	P05738	191 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	SAR1	P20606	190 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	HIS2	P38635	335 aa		0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	SSO2	P39926	295 aa		0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	JHD2	P47156	728 aa	Predicted RBP	0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	RPL9B	P51401	191 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	VOA1	P53262	265 aa		0.14	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	SMI1	P32566	505 aa		0.13	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	TOS8	P53147	276 aa		0.13	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	PER33	Q12144	273 aa		0.13	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YPL119C-A	Q3E751	87 aa		0.13	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	RPP0	P05317	312 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	PET9	P18239	318 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	GPI12	P23797	304 aa		0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	MNN9	P39107	395 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YEL067C	P39978	195 aa		0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YER076C	P40049	302 aa		0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	VBA1	Q04301	562 aa		0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YPL162C	Q12042	273 aa		0.12	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	MSW1	P04803	379 aa		0.11	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YHR180W	P38868	163 aa		0.11	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YLR179C	Q06252	201 aa	Known RBP	0.11	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YLR462W	O13556	202 aa		0.1	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	RPC25	P35718	212 aa		0.1	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YEL075C	P39972	122 aa		0.1	□□□□□ -2.39
VAR1	Q0140	YER189W	P40104	122 aa		0.09	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	YGL034C	P53186	121 aa		0.09	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	RRG8	Q06109	277 aa		0.09	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	ARR2	Q06597	130 aa		0.09	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	VAC14	Q06708	880 aa		0.09	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	SIR4	P11978	1358 aa		0.08	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	POF1	P25576	258 aa		0.08	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	AQY2	P0CD90	149 aa		0.07	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	MSA2	P36157	363 aa		0.07	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	CDC14	Q00684	551 aa		0.07	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	CSM1	P25651	190 aa		0.06	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	TMA19	P35691	167 aa	Known RBP	0.06	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	SPP2	Q02521	185 aa		0.06	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	FAR8	Q05040	523 aa		0.06	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	GRX2	P17695	143 aa	Known RBP	0.05	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	MNT4	P53745	580 aa		0.05	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	ARV1	Q06541	321 aa		0.05	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	STH1	P32597	1359 aa		0.05	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	VPS45	P38932	577 aa		0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	RIO2	P40160	425 aa	Known RBP	0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	HEM25	Q07534	307 aa		0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	RRS1	Q08746	203 aa	Known RBP	0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	SWI1	P09547	1314 aa		0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	MSB2	P32334	1306 aa		0.04	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	YLR030W	Q07967	263 aa		0.03	□□□□□ -2.4
VAR1	Q0140	ERG24	P32462	438 aa	Known RBP	0.02	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	FZO1	P38297	855 aa		0.02	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	YGL159W	P53110	370 aa		0.02	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	YDR124W	Q04608	324 aa		0.02	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	FZF1	P32805	299 aa		0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	TIR3	P40552	269 aa		0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	RPL33B	P41056	107 aa	Known RBP	0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	GTR2	P53290	341 aa		0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	CUR1	Q06469	252 aa		0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	ABZ2	Q03266	374 aa		0	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	BCP1	Q06338	283 aa		0	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	SME1	Q12330	94 aa	Predicted RBP	0	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	RSR1	P13856	272 aa		-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	FRS2	P15625	503 aa	Known RBP	-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	PBN1	P25580	416 aa		-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	HSM3	P38348	480 aa		-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	FIS1	P40515	155 aa		-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	TPO4	Q12256	659 aa		-0.01	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	YNL146C-A	Q3E7Z1	64 aa		-0.02	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	PRP8	P33334	2413 aa	Known RBP	-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	GCD2	P12754	651 aa	Predicted RBP	-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	SOK1	P40317	901 aa		-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	BOL2	P53082	120 aa		-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	ATG39	Q06159	398 aa		-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	MSA1	Q08471	629 aa		-0.03	□□□□□ -2.41
VAR1	Q0140	SNA3	P14359	133 aa		-0.04	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	BIG1	P38813	335 aa		-0.04	□□□□□ -2.42
VAR1	Q0140	RMR1	P53060	241 aa		-0.04	□□□□□ -2.42

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