RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	PML1	Q07930	204 aa	Predicted RBP	0.37	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	SWI3	P32591	825 aa		0.36	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	ECM13	P38195	257 aa		0.36	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	TCD1	P38756	429 aa		0.36	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	SMD3	P43321	101 aa	Known RBP	0.36	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	COX16	P47081	118 aa		0.36	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	CPA1	P07258	411 aa	Known RBP	0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	MDH3	P32419	343 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.35	□□□□□ -2.35	not detected
VAR1	Q0140	SWC5	P38326	303 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	HUA1	P40325	198 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	YNR062C	P53748	327 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	PDR16	P53860	351 aa	Known RBP	0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	EMI1	Q04406	187 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	CTR3	Q06686	241 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	ASR1	Q06834	288 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	SLD7	Q08457	257 aa		0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	PAA1	Q12447	191 aa	Known RBP	0.35	□□□□□ -2.35
VAR1	Q0140	MSS116	P15424	664 aa	Known RBP	0.34	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YIA6	P40556	373 aa		0.34	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	IBA57	P47158	497 aa		0.34	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.33	□□□□□ -2.36	not detected
VAR1	Q0140	GTO1	P48239	356 aa		0.33	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	0.33	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YAL064W-B	O13512	126 aa		0.32	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YHR032W-A	P0C5N6	59 aa		0.32	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	UIP5	P36137	443 aa		0.32	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	ATC1	Q04005	294 aa		0.32	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	ATP6	P00854	259 aa		0.31	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	RCY1	P39531	840 aa		0.31	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	SIA1	Q12212	622 aa		0.31	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	RPL5	P26321	297 aa	Known RBP	0.3	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	CWP1	P28319	239 aa		0.3	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YJR079W	P47126	109 aa		0.3	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	DBP6	P53734	629 aa	Known RBP	0.3	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	NFI1	Q12216	726 aa		0.3	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	PEX3	P28795	441 aa		0.29	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	ARC15	P40518	154 aa	RIP-Chip data	0.29	□□□□□ -2.36	not detected
VAR1	Q0140	SLX9	P53251	210 aa	Predicted RBP	0.29	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	AKR2	Q12013	749 aa		0.29	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	POM33	Q12164	279 aa		0.29	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	PSY3	Q12318	242 aa		0.29	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	Q0255	P03881	472 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	RCN1	P36054	211 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	ERV15	P38312	142 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	AIM20	P40451	204 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YKE4	P40544	346 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	YGR219W	P53307	113 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	FLO9	P39712	1322 aa		0.28	□□□□□ -2.36
VAR1	Q0140	RPL4A	P10664	362 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	GPA2	P10823	449 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	PRM9	P39551	298 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	RPL4B	P49626	362 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	ERV29	P53337	310 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	CTF19	Q02732	369 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	AIM36	Q03798	255 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	SEC10	Q06245	871 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	USB1	Q12208	290 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	AI5_BETA	Q9ZZX0	354 aa		0.27	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	CAR2	P07991	424 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	OAC1	P32332	324 aa		0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	PRS4	P38063	326 aa	Predicted RBP	0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	SER33	P40510	469 aa		0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YGR026W	P53217	278 aa		0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	VPS20	Q04272	221 aa		0.26	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	COS8	P38723	381 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	TDA11	P38854	504 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	CTR2	P38865	189 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	PEX31	P53203	462 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	ARP5	P53946	755 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YNL050C	P53952	270 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	SML1	Q04964	104 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YOS9	Q99220	542 aa		0.25	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	CDC37	P06101	506 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	ICL1	P28240	557 aa	Predicted RBP	0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	END3	P39013	349 aa		0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	AGE2	P40529	298 aa		0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	CDC40	P40968	455 aa	Predicted RBP	0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	EMP46	Q12396	444 aa		0.24	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	ILV1	P00927	576 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	UGA1	P17649	471 aa		0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YHL049C	P38722	271 aa		0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	MPA43	P53583	542 aa	Predicted RBP	0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YMR279C	Q03263	540 aa		0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	BBP1	Q12365	385 aa		0.23	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	YHR125W	P38831	101 aa		0.22	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	AGP3	P43548	558 aa		0.22	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	GPN3	Q06543	272 aa		0.22	□□□□□ -2.37
VAR1	Q0140	RPC40	P07703	335 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	YPR011C	Q12251	326 aa		0.21	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	SEC22	P22214	214 aa		0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	SVP26	P38869	228 aa		0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	NAS2	P40555	220 aa		0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	LOH1	P47055	219 aa		0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	RIB4	P50861	169 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	ERP4	Q12450	207 aa		0.2	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	QCR8	P08525	94 aa		0.19	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	YLR297W	Q05899	129 aa		0.19	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	SFH1	Q06168	426 aa		0.19	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	COX5A	P00424	153 aa		0.18	□□□□□ -2.38
VAR1	Q0140	PET18	P25362	215 aa		0.18	□□□□□ -2.38

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