RNA–Protein interactions for RNA: YDL064W

UBC9, Transcript of SUMO-conjugating enzyme involved in the Smt3p conjugation pathway, yeast

Gene UBC9, Length 474 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBC9	YDL064W	ZRT3	P34240	503 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	COQ5	P49017	307 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	FMP48	P53233	369 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	IRC4	Q03036	179 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	INP2	Q03824	705 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	UBX2	Q04228	584 aa		2.71	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	ERD1	P16151	362 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YBR062C	P38239	180 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RRG9	P40156	214 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	HIT1	P46973	164 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SDS23	P53172	527 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SNX41	Q04053	625 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	VAC14	Q06708	880 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SLF1	Q12034	447 aa	Known RBP	2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	PRM4	Q12498	284 aa		2.7	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	FUS3	P16892	353 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	MRPL20	P22354	195 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RPB9	P27999	122 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RFT1	P38206	574 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SOP4	P39543	234 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SLM1	P40485	686 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	CDC40	P40968	455 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	UTP15	Q04305	513 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	ECM18	Q04623	453 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	ECM19	Q06011	112 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	IES4	Q08561	116 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	DCP1	Q12517	231 aa	Predicted RBP	2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	CCH1	P50077	2039 aa		2.69	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YPC1	P38298	316 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	EFM1	P38732	585 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YHR035W	P38769	630 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RRF1	P38771	230 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	PNC1	P53184	216 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	VOA1	P53262	265 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	BIO4	P53630	237 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YNR066C	P53752	436 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RRG8	Q06109	277 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YDL211C	Q12121	372 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	PFK27	Q12471	397 aa	Predicted RBP	2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	BI3	Q9ZZW7	517 aa		2.68	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YKL187C	P34231	750 aa		2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	PRY2	P36110	329 aa		2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	FRM2	P37261	193 aa		2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	UFE1	P41834	346 aa		2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	GCD14	P46959	383 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	MRX8	Q05473	314 aa		2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	DTD1	Q07648	150 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	UTP23	Q12339	254 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	DFM1	Q12743	341 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SAR1	P20606	190 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	INO2	P26798	304 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	MCH2	P36032	473 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	BDH1	P39714	382 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	LOC1	P43586	204 aa	Predicted RBP	2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YGL185C	P53100	379 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	YGR266W	P53326	701 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	HST4	P53688	370 aa		2.66	□□□□□ -1.98
UBC9	YDL064W	RAD7	P06779	565 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	UGA1	P17649	471 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	GPI12	P23797	304 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	ZIP1	P31111	875 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	GPX1	P36014	167 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	MRPL40	P36534	297 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	YMR262W	P38430	313 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	CTM1	P38818	585 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	PCL7	P40186	285 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	YLR446W	Q06204	433 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	YOR292C	Q08743	309 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	APC9	Q12107	265 aa		2.65	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	RPL31A	P0C2H8	113 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	RPL5	P26321	297 aa	Known RBP	2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	SWD2	P36104	329 aa	Predicted RBP	2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	TRR2	P38816	342 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	FRT2	P39734	528 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	GDS1	P41913	522 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	LOH1	P47055	219 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	UBC13	P52490	153 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	YGL118C	P53132	145 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	APJ1	P53940	528 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	SPO19	Q03029	223 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	GMC1	Q04399	608 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	APC4	Q04601	652 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	TAZ1	Q06510	381 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	SIA1	Q12212	622 aa		2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	2.64	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	FAB1	P34756	2278 aa		2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	TDH3	P00359	332 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.63	□□□□□ -1.99	not detected
UBC9	YDL064W	YCR025C	P25352	136 aa		2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	TPS2	P31688	896 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	RPC25	P35718	212 aa		2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	COX16	P47081	118 aa		2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	CAX4	P53223	239 aa		2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	ERV25	P54837	211 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	YPL245W	Q12179	454 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	GAL7	P08431	366 aa		2.62	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	CPT1	P17898	393 aa		2.62	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	MEK1	P24719	497 aa	Predicted RBP	2.62	□□□□□ -1.99
UBC9	YDL064W	CSM1	P25651	190 aa		2.62	□□□□□ -1.99

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