RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	MET18	P40469	1032 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	SPO22	P40511	975 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	VHT1	P53241	593 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	YGR250C	P53316	781 aa	Known RBP	2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	JJJ1	P53863	590 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	RPT6	Q01939	405 aa	Known RBP	2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	SOR2	Q07786	357 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	SIL1	Q08199	421 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	YDR056C	Q12025	205 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	TIR4	Q12218	487 aa	Predicted RBP	2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	HSP42	Q12329	375 aa		2	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	GPI10	P30777	616 aa		1.99	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	HRT1	Q08273	121 aa		1.99	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	PIS1	P06197	220 aa	Known RBP	1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	BEM1	P29366	551 aa		1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	YBR056W	P38081	501 aa		1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	YIR035C	P40579	254 aa		1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	FMS1	P50264	508 aa		1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	YLR345W	Q06137	509 aa		1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	RKM1	Q08961	583 aa	Predicted RBP	1.98	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	EXG1	P23776	448 aa	Known RBP	1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	RRP4	P38792	359 aa	Known RBP	1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	GAT2	P40209	560 aa		1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	PHO86	P46956	311 aa		1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	VTA1	Q06263	330 aa		1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	ATG34	Q12292	412 aa		1.97	□□□□□ -2.09
VAR1	Q0140	SCEI	P03882	235 aa		1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	CAP2	P13517	287 aa		1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	RPL3	P14126	387 aa	Known RBP	1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	GEX1	P25596	615 aa		1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	DPB3	P27344	201 aa		1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	PRM6	Q04705	352 aa		1.96	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	FHL1	P39521	936 aa		1.95	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	PEX22	P39718	180 aa		1.95	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	COQ5	P49017	307 aa		1.95	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	HST4	P53688	370 aa		1.95	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	STE7	P06784	515 aa		1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	ATP3	P38077	311 aa	Known RBP	1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	YPS6	P40583	537 aa		1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	COS1	P53822	381 aa		1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	URH1	Q04179	340 aa		1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	VAM3	Q12241	283 aa		1.94	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	CMK2	P22517	447 aa		1.93	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	1.93	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	AST1	P35183	429 aa		1.92	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	AIP1	P46680	615 aa	Known RBP	1.92	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	YDL114W	Q07530	308 aa		1.92	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	BUG1	Q12191	341 aa		1.92	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	NCA2	Q12374	616 aa		1.92	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	YPR096C	O13587	100 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	HOM3	P10869	527 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	STB1	P42845	420 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	TOS3	P43637	560 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	YJL144W	P47009	104 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	FCY22	Q12119	530 aa		1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	HTZ1	Q12692	134 aa	Known RBP	1.91	□□□□□ -2.1
VAR1	Q0140	SOL2	P37262	315 aa		1.9	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	RRN10	P38204	145 aa		1.9	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ENT5	Q03769	411 aa	Known RBP	1.9	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	RRP45	Q05636	305 aa	Known RBP	1.9	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		1.9	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ARG3	P05150	338 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	IMA3	P0CW40	589 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	IMA4	P0CW41	589 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ASP3-2	P0CX77	362 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ASP3-3	P0CX78	362 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ASP3-4	P0CX79	362 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ASP3-1	P0CZ17	362 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	GIT1	P25346	518 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ZIP1	P31111	875 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	PDC2	P32896	925 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ECM34	P38728	170 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	SMF1	P38925	575 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	COS5	P47187	383 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ZRG17	P53735	605 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	SNT309	Q06091	175 aa	Predicted RBP	1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	COS7	Q07788	383 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	IMA2	Q08295	589 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	GRX6	Q12438	231 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	YOL085C	Q99345	113 aa		1.89	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	FUN26	P31381	517 aa		1.88	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	CBF5	P33322	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	1.88	□□□□□ -2.11	not detected
VAR1	Q0140	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	1.88	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	STD1	Q02794	444 aa		1.88	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	YDL199C	Q12407	687 aa		1.88	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	RAD5	P32849	1169 aa	Predicted RBP	1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	NTC20	P38302	140 aa	Predicted RBP	1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	VID27	P40157	782 aa		1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	VEL1	P53058	206 aa		1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	RRP46	P53256	223 aa	Predicted RBP	1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	COG4	Q06096	861 aa		1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	ECM7	Q06200	448 aa		1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	IMH1	Q06704	911 aa	Known RBP	1.87	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	SMP1	P38128	452 aa		1.86	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	MMS4	P38257	691 aa		1.86	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	WSC4	P38739	605 aa		1.86	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	TRR2	P38816	342 aa		1.86	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	SEH1	P53011	349 aa	Known RBP	1.86	□□□□□ -2.11
VAR1	Q0140	MMT1	Q03218	510 aa		1.86	□□□□□ -2.11

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