RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX39A	O00148	427 aa	Known RBP	27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	RFC2	P35250	354 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	BLID	Q8IZY5	108 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP6V0A1	Q93050	837 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	GTF3C6	Q969F1	213 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	27.32	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	CTDNEP1	O95476	244 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	PFKM	P08237	780 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SELP	P16109	830 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	XBP1	P17861	261 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	MARK3	P27448	753 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	PRR16	Q569H4	304 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	HERVK_113	Q902F9	699 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	UIMC1	Q96RL1	719 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	RNPEP	Q9H4A4	650 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SMARCAD1	Q9H4L7	1026 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SETD4	Q9NVD3	440 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		27.31	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SCN5A	Q14524	2016 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	GNAT1	P11488	350 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	CKB	P12277	381 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ACTR2	P61160	394 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	RBL2	Q08999	1139 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	GALNT17	Q6IS24	598 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146		Q7L0L9	218 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	DEFB123	Q8N688	67 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	WNT8B	Q93098	351 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	27.3	■■□□□ 1.96	5e-10	■□□□□ 9.7
CPNE1-223	ENST00000475146	AZI2	Q9H6S1	392 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ERAP1	Q9NZ08	941 aa		27.3	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	LAMA3	Q16787	3333 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXC8	P31273	242 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	CIITA	P33076	1130 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	RASIP1	Q5U651	963 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	SERINC5	Q86VE9	423 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	WASF1	Q92558	559 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	EMSY	Q7Z589	1322 aa		27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	27.29	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBBX	A8MT70	800 aa		27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	TREH	O43280	583 aa		27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	TBCK	Q8TEA7	893 aa		27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	VWCE	Q96DN2	955 aa		27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	27.28	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	LGR5	O75473	907 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	THPO	P40225	353 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	PPFIA1	Q13136	1202 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	NPY5R	Q15761	445 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF697	Q5TEC3	545 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	PCYT2	Q99447	389 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		27.27	■■□□□ 1.96
CPNE1-223	ENST00000475146	NRCAM	Q92823	1304 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	CCNE2	O96020	404 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	ACTN1	P12814	892 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	USP11	P51784	963 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM109B	Q6ICB4	259 aa	Predicted RBP	27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		27.26	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146		M0R2N6	131 aa		27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	KIF2C	Q99661	725 aa		27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	TBC1D22B	Q9NU19	505 aa		27.25	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	BACH1	O14867	736 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	STAT5B	P51692	787 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	GRIK4	Q16099	956 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	LENG9	Q96B70	501 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM161B	Q96MY7	647 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	TRPC6	Q9Y210	931 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		27.24	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	EDIL3	O43854	480 aa		27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	JAK2	O60674	1132 aa		27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	ATG7	O95352	703 aa		27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	MIS18BP1	Q6P0N0	1132 aa		27.23	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	NBN	O60934	754 aa		27.22	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	TDP2	O95551	362 aa		27.22	■■□□□ 1.95
CPNE1-223	ENST00000475146	CTSH	P09668	335 aa		27.22	■■□□□ 1.95

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