RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568076.6

CLN3-230, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,968 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-230ENST00000568076 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP29.22■■■□□ 2.27
CLN3-230ENST00000568076 ROCK1Q13464 1354 aa29.22■■■□□ 2.27
CLN3-230ENST00000568076 ATP10BO94823 1461 aa29.21■■■□□ 2.27
CLN3-230ENST00000568076 ITSN2Q9NZM3 1697 aa29.2■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa29.18■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 TONSLQ96HA7 1378 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP29.17■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 TRIM52Q96A61 297 aa29.14■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 PTPRGP23470 1445 aa29.14■■■□□ 2.26
CLN3-230ENST00000568076 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP29.13■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 PLEKHD1A6NEE1 506 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 ABCC10Q5T3U5 1492 aa29.1■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 SHROOM2Q13796 1616 aa29.1■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 MPHOSPH9Q99550 1183 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 KDM5BQ9UGL1 1544 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-230ENST00000568076 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa29.06■■■□□ 2.24
CLN3-230ENST00000568076 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP29.05■■■□□ 2.24
CLN3-230ENST00000568076 CROCC2H7BZ55 1655 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-230ENST00000568076 NCOA1Q15788 1441 aa29.01■■■□□ 2.24
CLN3-230ENST00000568076 ADGBQ8N7X0 1667 aa29■■■□□ 2.23
CLN3-230ENST00000568076 ADGRL2O95490 1459 aa29■■■□□ 2.23
CLN3-230ENST00000568076 ERCC6L2Q5T890 1561 aa28.98■■■□□ 2.23
CLN3-230ENST00000568076 FOXD1Q16676 465 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-230ENST00000568076 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP28.95■■■□□ 2.23
CLN3-230ENST00000568076 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa28.91■■■□□ 2.22
CLN3-230ENST00000568076 PZPP20742 1482 aa28.89■■■□□ 2.22
CLN3-230ENST00000568076 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa28.88■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP28.88■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa28.88■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 SHANK2Q9UPX8 1470 aa28.88■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.88■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP28.87■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 ABCC2Q92887 1545 aa28.85■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 C9orf84Q5VXU9 1444 aa28.84■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP28.83■■■□□ 2.21
CLN3-230ENST00000568076 PREX2Q70Z35 1606 aa28.82■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa28.82■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 L3MBTL2Q969R5 705 aa28.81■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 MBD5Q9P267 1494 aa28.81■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa28.81■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 ARHGEF5Q12774 1597 aa28.8■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa28.8■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP28.78■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 TTC37Q6PGP7 1564 aa28.77■■■□□ 2.2
CLN3-230ENST00000568076 TEX14Q8IWB6 1497 aa28.76■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP28.76■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 TSPY4P0CV99 314 aa28.74■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 TSPY10P0CW01 314 aa28.74■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa28.71■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 CCDC141Q6ZP82 1450 aa28.71■■■□□ 2.19
CLN3-230ENST00000568076 KCNH8Q96L42 1107 aa28.69■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 KIF15Q9NS87 1388 aa28.69■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP28.67■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP28.66■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 PKD2Q13563 968 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 ARHGAP5Q13017 1502 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 NBPF8Q3BBV2 869 aa28.65■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 SYCP2Q9BX26 1530 aa28.65■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 KDM5DQ9BY66 1539 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-230ENST00000568076 NUP155O75694 1391 aa28.63■■■□□ 2.17
CLN3-230ENST00000568076 RSPH4AQ5TD94 716 aa28.63■■■□□ 2.17
CLN3-230ENST00000568076 MYO5CQ9NQX4 1742 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-230ENST00000568076 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP28.6■■■□□ 2.171e-9■■■■□ 22.4
CLN3-230ENST00000568076 MAST1Q9Y2H9 1570 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-230ENST00000568076 WASHC2AQ641Q2 1341 aa28.56■■■□□ 2.16
CLN3-230ENST00000568076 ANP32CO43423 234 aa28.54■■■□□ 2.16
CLN3-230ENST00000568076 PLCH2O75038 1416 aa28.53■■■□□ 2.16
CLN3-230ENST00000568076 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa28.53■■■□□ 2.16
CLN3-230ENST00000568076 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa28.53■■■□□ 2.16
CLN3-230ENST00000568076 CCER2I3L3R5 266 aa28.49■■■□□ 2.15
CLN3-230ENST00000568076 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa28.48■■■□□ 2.15
CLN3-230ENST00000568076 FAM135AQ9P2D6 1515 aa28.47■■■□□ 2.15
CLN3-230ENST00000568076 PLXNC1O60486 1568 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-230ENST00000568076 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP28.45■■■□□ 2.14
CLN3-230ENST00000568076 UNC13BO14795 1591 aa28.42■■■□□ 2.14
CLN3-230ENST00000568076 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa28.42■■■□□ 2.14
CLN3-230ENST00000568076 ABCC1P33527 1531 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-230ENST00000568076 CCDC7Q96M83 1385 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-230ENST00000568076 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa28.37■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 DUOX2Q9NRD8 1548 aa28.36■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 CNTLNQ9NXG0 1405 aa28.35■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 WDR7Q9Y4E6 1490 aa28.35■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 ARAP3Q8WWN8 1544 aa28.34■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP28.33■■■□□ 2.13
CLN3-230ENST00000568076 IQGAP3Q86VI3 1631 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 ERBINQ96RT1 1412 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 KIF7Q2M1P5 1343 aa28.3■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP28.3■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP28.3■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 MAGI2Q86UL8 1455 aa28.29■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 RALGAPBQ86X10 1494 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 USP47Q96K76 1375 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 PLA2R1Q13018 1463 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 KDM5CP41229 1560 aa28.27■■■□□ 2.12
CLN3-230ENST00000568076 ABCA9Q8IUA7 1624 aa28.24■■■□□ 2.11
CLN3-230ENST00000568076 CCDC144AA2RUR9 1427 aa28.23■■■□□ 2.11
CLN3-230ENST00000568076 AFAP1Q8N556 730 aa28.22■■■□□ 2.11
CLN3-230ENST00000568076 BCORL1Q5H9F3 1711 aa28.22■■■□□ 2.11
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