RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498268.1

USP34-222, Transcript of ubiquitin specific peptidase 34, human

TSL 3

Gene USP34, Length 497 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP34-222	ENST00000498268	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
USP34-222	ENST00000498268	HS3ST6	Q96QI5	342 aa		11.98	□□□□□ -0.49
USP34-222	ENST00000498268	DOK7	Q18PE1	504 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP34-222	ENST00000498268	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP34-222	ENST00000498268	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		11.96	□□□□□ -0.49
USP34-222	ENST00000498268	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	C2orf72	A6NCS6	295 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	KIF3C	O14782	793 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	GPR153	Q6NV75	609 aa		11.92	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
USP34-222	ENST00000498268	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	11.89	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	ARSI	Q5FYB1	569 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	SPNS2	Q8IVW8	549 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	RIMBP2	O15034	1052 aa		11.87	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	ERBB3	P21860	1342 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP34-222	ENST00000498268	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	11.83	□□□□□ -0.52
USP34-222	ENST00000498268	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		11.81	□□□□□ -0.52
USP34-222	ENST00000498268	MMRN1	Q13201	1228 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP34-222	ENST00000498268	TMC2	Q8TDI7	906 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP34-222	ENST00000498268	SLC34A2	O95436	690 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	NUDT7	P0C024	238 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	PCDHGA4	Q9Y5G9	962 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	ZNF687	Q8N1G0	1237 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
USP34-222	ENST00000498268	FOXK1	P85037	733 aa		11.7	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	DSG2	Q14126	1118 aa		11.7	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	PLPP6	Q8IY26	295 aa		11.7	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		11.69	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	LHX6	Q9UPM6	363 aa		11.68	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP34-222	ENST00000498268	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	PTCD2	Q8WV60	388 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	CRISPLD2	Q9H0B8	497 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		11.59	□□□□□ -0.55
USP34-222	ENST00000498268	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		11.56	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	11.54	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	LSM11	P83369	360 aa	Known RBP eCLIP	11.53	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	PPP1R15B	Q5SWA1	713 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	OXER1	Q8TDS5	423 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP34-222	ENST00000498268	PDE4A	P27815	886 aa		11.52	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	TBC1D12	O60347	775 aa		11.48	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	11.48	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	11.47	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	PBX2	P40425	430 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	PSEN2	P49810	448 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP34-222	ENST00000498268	ARHGAP33	O14559	1287 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	MFSD10	Q14728	455 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		11.42	□□□□□ -0.58
USP34-222	ENST00000498268	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	ADGRD1	Q6QNK2	874 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	EVI5	O60447	810 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	ZNF454	Q8N9F8	522 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	PTGER2	P43116	358 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	FOSB	P53539	338 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	MAP3K9	P80192	1104 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	KCNK17	Q96T54	332 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP34-222	ENST00000498268	HR	O43593	1189 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	TK2	O00142	265 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	CAMK2B	Q13554	666 aa		11.28	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	ADAM33	Q9BZ11	813 aa		11.28	□□□□□ -0.6
USP34-222	ENST00000498268	JPH4	Q96JJ6	628 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	VPS9D1	Q9Y2B5	631 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	ZDHHC16	Q969W1	377 aa		11.25	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	PCDHGA10	Q9Y5H3	936 aa		11.25	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	CFAP44	Q96MT7	982 aa		11.24	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	DPYSL4	O14531	572 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	PTPRE	P23469	700 aa		11.21	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		11.21	□□□□□ -0.61
USP34-222	ENST00000498268	BHMG1	C9JSJ3	638 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	KCNH8	Q96L42	1107 aa		11.19	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		11.19	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	KCTD12	Q96CX2	325 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	COL9A1	P20849	921 aa		11.17	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	HCST	Q9UBK5	93 aa		11.16	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	PHF14	O94880	888 aa		11.15	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	STAC3	Q96MF2	364 aa		11.15	□□□□□ -0.62
USP34-222	ENST00000498268	DDX12P	Q92771	950 aa		11.14	□□□□□ -0.63
USP34-222	ENST00000498268	PROX2	Q3B8N5	592 aa		11.13	□□□□□ -0.63
USP34-222	ENST00000498268	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		11.13	□□□□□ -0.63
USP34-222	ENST00000498268	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.4 ms