RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	YPL191C	Q08930	360 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FLC1	Q08967	793 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YOR342C	Q12182	319 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RTR2	Q12378	196 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GTT2	Q12390	233 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ATG31	Q12421	196 aa		4.14	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ATP2	P00830	511 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GCR1	P07261	785 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PUT2	P07275	575 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YGL041W-A	P0C5N3	154 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	KAR1	P11927	433 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SNF4	P12904	322 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GRX2	P17695	143 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ISY1	P21374	235 aa	Predicted RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HXT2	P23585	541 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SPB1	P25582	841 aa	Predicted RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	POL4	P25615	582 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NUP2	P32499	720 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	BLI1	P35727	113 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MSG5	P38590	489 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	END3	P39013	349 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ALA1	P40825	983 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MSS2	P40990	351 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YJR098C	P47139	656 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NAS6	P50086	228 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MRK1	P50873	501 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RAI1	P53063	387 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YAF9	P53930	226 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HDA1	P53973	706 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	INA17	Q02888	182 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NAN1	Q02931	896 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YMR018W	Q04364	514 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SPC2	Q04969	178 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	DTD1	Q07648	150 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FMP45	Q07651	309 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TRM8	Q12009	286 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YLR053C	Q12026	108 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MED2	Q12124	431 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TAH18	Q12181	623 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	LDB17	Q12342	491 aa		4.13	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TRP2	P00899	507 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ADE5,7	P07244	802 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NFT1	P0CE68	1218 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RVS161	P25343	265 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GUT2	P32191	649 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YBL010C	P32788	280 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GLY1	P37303	387 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SLX1	P38324	304 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YHR078W	P38799	552 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HAL5	P38970	855 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MEF2	P39677	819 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	JLP2	P40206	208 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YJR061W	P40355	935 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FET4	P40988	552 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GLG2	P47011	380 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	COG5	P53951	403 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YMR010W	Q03687	405 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NSE5	Q03718	556 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YLL032C	Q07834	825 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.12	□□□□□ -1.75	not detected
VHS3	YOR054C	RSC58	Q07979	502 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	BRX1	Q08235	291 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ICL2	Q12031	575 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	STB3	Q12427	513 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FUR4	P05316	633 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MRP2	P10663	115 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GAL3	P13045	520 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	KRE2	P27809	442 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YSC84	P32793	468 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SER1	P33330	395 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	KTR2	P33550	425 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MDJ1	P35191	511 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ARA1	P38115	344 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RRT2	P38332	387 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MNN9	P39107	395 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CEM1	P39525	442 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GPB2	P39717	880 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	EDC3	P39998	551 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YER034W	P40022	185 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PTK2	P47116	818 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CWC23	P52868	283 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ACS2	P52910	683 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CAF40	P53829	373 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MPS1	P54199	764 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RSC9	Q03124	581 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YET2	Q04210	160 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YMR027W	Q04371	470 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TFC6	Q06339	672 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YDL124W	Q07551	312 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PPM2	Q08282	695 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SSP2	Q08646	371 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YPR022C	Q12139	1133 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	DPH6	Q12429	685 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TSC13	Q99190	310 aa		4.12	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ATP6	P00854	259 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TUF1	P02992	437 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SIR3	P06701	978 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RHO1	P06780	209 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TUB3	P09734	445 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HVG1	P0CE11	249 aa		4.11	□□□□□ -1.75

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