RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	C8orf87	E5RJ46	101 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285		Q8N377	158 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285	DSCR10	P59022	87 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285	LINC01558	Q9Y6Z2	57 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PNM2	257 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP13-3	Q3SY46	172 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285		A8MU10	97 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	CASC2	Q6XLA1	102 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285		K7EQZ3	153 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	LRP2	P98164	4655 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	COA5	Q86WW8	74 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285		H0Y9P7	68 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP3-208	ENST00000558285	LINC01554	Q52M75	96 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP3-1	Q9BYR8	98 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP3-208	ENST00000558285	IGFL1	Q6UW32	110 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP3-208	ENST00000558285	LINC00313	P59037	77 aa		4.78	□□□□□ -1.64
USP3-208	ENST00000558285	TP53AIP1	Q9HCN2	124 aa		4.78	□□□□□ -1.64
USP3-208	ENST00000558285	C9orf92	A6NGG3	77 aa		4.77	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285	WFDC13	Q8IUB5	93 aa		4.77	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285		A0A0G2JQZ4	141 aa		4.75	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285		A8MWP4	228 aa		4.75	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285	LPA	P08519	4548 aa		4.75	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WSZ3	146 aa		4.74	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285	SPINK7	P58062	85 aa		4.73	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285	RPL37	P61927	97 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
USP3-208	ENST00000558285	PCOTH	Q58A44	107 aa		4.71	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	RNF213	Q63HN8	5207 aa		4.71	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		4.69	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	HRES1	P13985	223 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285		Q96NJ1	140 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	MMP24-AS1	A0A0U1RRL7	71 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	DEFB116	Q30KQ4	102 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	PRAC1	Q96KF2	57 aa		4.66	□□□□□ -1.66
USP3-208	ENST00000558285	COX6B2	Q6YFQ2	88 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	ACYP2	P14621	99 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	MUC17	Q685J3	4493 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	C20orf166-AS1	Q96NR2	134 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	UQCR11	O14957	56 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	IGHV6-1	A0A0B4J1U7	121 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285		A8MUU9	505 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GU69	56 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	MIR22HG	Q0VDD5	57 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285	C8orf17	Q9NRJ1	99 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GVX0	72 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	MUC2	Q02817	5179 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	ADM2	Q7Z4H4	148 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285		M0R2T5	61 aa		4.56	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	DMAC1	Q96GE9	116 aa		4.56	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	MRPL34	Q9BQ48	92 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	CSAG1	Q6PB30	78 aa		4.55	□□□□□ -1.68
USP3-208	ENST00000558285	NOTCH2NL	Q7Z3S9	236 aa		4.52	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		4.51	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP16-1	A8MUX0	517 aa		4.49	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	ROMO1	P60602	79 aa		4.49	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	MT1H	P80294	61 aa		4.48	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		4.47	□□□□□ -1.69
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		4.45	□□□□□ -1.7
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.4	□□□□□ -1.71
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2-30	P06310	120 aa		4.39	□□□□□ -1.71
USP3-208	ENST00000558285		Q5W150	140 aa		4.39	□□□□□ -1.71
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2D-30	A0A075B6S6	120 aa		4.33	□□□□□ -1.72
USP3-208	ENST00000558285		K7ERS5	55 aa		4.32	□□□□□ -1.72
USP3-208	ENST00000558285	H1FX-AS1	Q4G0G2	97 aa		4.29	□□□□□ -1.72
USP3-208	ENST00000558285		P0C880	135 aa		4.27	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285		H0YAA0	97 aa		4.26	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		4.26	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	4.25	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GU33	70 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-10	P60014	251 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USP3-208	ENST00000558285	MT2A	P02795	61 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USP3-208	ENST00000558285	SPINT4	Q6UDR6	99 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USP3-208	ENST00000558285		S4R3F8	94 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USP3-208	ENST00000558285	MT1F	P04733	61 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USP3-208	ENST00000558285	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.11	□□□□□ -1.75
USP3-208	ENST00000558285	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		4.1	□□□□□ -1.75
USP3-208	ENST00000558285	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		4.05	□□□□□ -1.76
USP3-208	ENST00000558285	CRIPT	Q9P021	101 aa		4.04	□□□□□ -1.76
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.04	□□□□□ -1.76
USP3-208	ENST00000558285	LUZP6	Q538Z0	58 aa		4	□□□□□ -1.77
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	3.97	□□□□□ -1.77
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP19-6	Q3LI70	58 aa		3.95	□□□□□ -1.78
USP3-208	ENST00000558285	SPRR2G	Q9BYE4	73 aa		3.92	□□□□□ -1.78
USP3-208	ENST00000558285	USH2A	O75445	5202 aa		3.92	□□□□□ -1.78
USP3-208	ENST00000558285	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		3.88	□□□□□ -1.79
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP19-8	Q3LI54	63 aa		3.87	□□□□□ -1.79
USP3-208	ENST00000558285	SSPO	A2VEC9	5147 aa		3.86	□□□□□ -1.79
USP3-208	ENST00000558285		R4GN34	69 aa		3.85	□□□□□ -1.79
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		3.84	□□□□□ -1.79
USP3-208	ENST00000558285		A0A0D9SG42	100 aa		3.83	□□□□□ -1.8
USP3-208	ENST00000558285	PLAC4	Q8WY50	150 aa		3.83	□□□□□ -1.8
USP3-208	ENST00000558285	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		3.82	□□□□□ -1.8
USP3-208	ENST00000558285	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
USP3-208	ENST00000558285	MT1B	P07438	61 aa		3.8	□□□□□ -1.8
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP5-9	P26371	169 aa		3.8	□□□□□ -1.8

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