RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL37	P61927	97 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	hADV29S1	A0JD25	119 aa		6.37	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	VAMP3	Q15836	100 aa		6.37	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	HSBP1L1	C9JCN9	74 aa		6.36	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	TCL1B	O95988	128 aa		6.36	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFL1	Q6UW32	110 aa		6.36	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464		F8WEM9	126 aa		6.35	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC2B	Q92478	149 aa		6.35	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf57	Q99622	126 aa		6.35	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		6.34	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6JHZ5	121 aa		6.34	□□□□□ -1.39
PTPRF-211	ENST00000467464	COX8A	P10176	69 aa		6.33	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		6.33	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	6.33	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	6.31	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	DLEU1	O43261	78 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	BVES-AS1	Q5T3Y7	98 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST1H4G	Q99525	98 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	SCGB1D1	O95968	90 aa		6.3	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BUT2	72 aa		6.29	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	CFC1B	P0CG36	223 aa		6.29	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	CFC1	P0CG37	223 aa		6.29	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		6.28	□□□□□ -1.4
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf91	Q6ZV80	131 aa		6.27	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		6.27	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0B4J2C4	111 aa		6.26	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6Q795	121 aa		6.26	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	C14orf144	Q96I85	54 aa		6.26	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		6.26	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	HIGD1B	Q9P298	99 aa		6.26	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464		Q75L30	129 aa		6.25	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		6.25	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA45	Q537H7	98 aa		6.23	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	PAM16	Q9Y3D7	125 aa		6.23	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464		H0YGX0	51 aa		6.22	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	LST1	O00453	97 aa		6.22	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB37	Q96AX2	223 aa		6.22	□□□□□ -1.41
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM6	P0DI80	62 aa		6.21	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	6.21	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	PYY3	Q5JQD4	70 aa		6.21	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	COX6B2	Q6YFQ2	88 aa		6.21	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		Q96NJ1	140 aa		6.21	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	TEN1	Q86WV5	123 aa		6.2	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	CEND1	Q8N111	149 aa		6.2	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf166-AS1	Q96NR2	134 aa		6.2	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		6.2	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	FXYD2	P54710	66 aa		6.19	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	VAMP8	Q9BV40	100 aa		6.19	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		6.19	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WSZ3	146 aa		6.18	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GX51	115 aa		6.18	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MUU9	505 aa		6.18	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R2T5	61 aa		6.18	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP11AUN	Q6ZP68	121 aa		6.18	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PNM2	257 aa		6.17	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIAP1	O43715	76 aa		6.17	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	PRO1854	Q9UHT4	67 aa		6.17	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BMG7	143 aa		6.16	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	SNCG	O76070	127 aa		6.15	□□□□□ -1.42
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM238L	A0A1B0GVL6	79 aa		6.13	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464		A6NJY4	79 aa		6.13	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	FABP2	P12104	132 aa		6.13	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	DSCR10	P59022	87 aa		6.12	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP16-1	A8MUX0	517 aa		6.11	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464		K7ERJ3	54 aa		6.1	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	GHRH	P01286	108 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	HSD52	Q0P140	79 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPRF-211	ENST00000467464	NOTCH2NL	Q7Z3S9	236 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	SIGMAR1	Q99720	223 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GV72	72 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	PCP4L1	A6NKN8	68 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	TSTD3	H0UI37	97 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV4-1	P06312	121 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BQ85	93 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAL4	O96015	105 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	MPLKIP	Q8TAP9	179 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		6.03	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	CCK	P06307	115 aa		6.03	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMB2	P49721	201 aa		6.03	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00313	P59037	77 aa		6.03	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB116	Q30KQ4	102 aa		6.03	□□□□□ -1.44
PTPRF-211	ENST00000467464	HRES1	P13985	223 aa		6.02	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2V1	Q13404	147 aa		6.02	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV20-1	A0A075B6N2	111 aa		6.01	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAC	P01848	142 aa		6.01	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	COX6C	P09669	75 aa		6	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	UQCR10	Q9UDW1	63 aa		6	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	USH2A	O75445	5202 aa		5.99	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	SSPO	A2VEC9	5147 aa		5.99	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV6-1	A0A0B4J1U7	121 aa		5.98	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464	MT2A	P02795	61 aa		5.97	□□□□□ -1.45
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GVX0	72 aa		5.95	□□□□□ -1.46

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 181.8 ms