RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000444040.6

SHQ1-202, Transcript of SHQ1, H/ACA ribonucleoprotein assembly factor, humanhuman

TSL 2

Gene SHQ1, Length 2,844 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHQ1-202ENST00000444040 PTPN13Q12923 2485 aa11.76□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 RBMY1BA6NDE4 496 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 RBMY1EA6NEQ0 496 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 RBMY1DP0C7P1 496 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 Q96MF0 132 aa11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 SORL1Q92673 2214 aa11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 PCP4P48539 62 aa11.75□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 TRAV2A0A0B4J234 112 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 KRTAP1-3Q8IUG1 177 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM61Q8N0U2 210 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 C4orf3Q8WVX3 66 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF479Q96JC4 524 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 DUX3Q96PT4 197 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 CENPEQ02224 2701 aa11.74□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 I3L3M4 83 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 HERVK_113P61574 105 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 SCGB2A2Q13296 93 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 C20orf203Q8NBC4 194 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 OPRPNQ99935 248 aaPredicted RBP11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 EDA2RQ9HAV5 297 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 PEMTQ9UBM1 199 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 SCGB1D4Q6XE38 83 aa11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 SPAG8Q99932 426 aaPredicted RBP11.73□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 HTN1P15515 57 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 TSPEAR-AS2P59090 65 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 DLX4Q92988 240 aaPredicted RBP11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 VPS25Q9BRG1 176 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 RRN3P1Q2M238 152 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM170BQ5T4T1 132 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 NFE4Q86UQ8 179 aa11.72□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 NAV2Q8IVL1 2488 aa11.71□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 PRM2P04554 102 aa11.71□□□□□ -0.53
SHQ1-202ENST00000444040 A0A0J9YY99 117 aa11.71□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 TEX15Q9BXT5 2789 aa11.7□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 CREBBPQ92793 2442 aa11.7□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 PROK1P58294 105 aa11.7□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 AMELXQ99217 191 aa11.7□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 MAP6D1Q9H9H5 199 aa11.7□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 G3V4G9 280 aa11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 HIST2H2BDQ6DRA6 164 aa11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 IGHV3-73A0A0B4J1V6 119 aa11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 SRSF9Q13242 221 aaKnown RBP eCLIP11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF469Q96JG9 3925 aaPredicted RBP11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 ABCA12Q86UK0 2595 aa11.69□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 UBE2D1P51668 147 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 DEFB114Q30KQ6 69 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 KHDC1LQ5JSQ8 128 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 IGLV4-3A0A075B6K6 122 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 M0R2P5 195 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 C21orf62-AS1Q17RA5 79 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 PIK3CD-AS1Q5SR53 167 aa11.68□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 A8MWV9 139 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM238LA0A1B0GVL6 79 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM223A0PJW6 202 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 A6NJY4 79 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 J3QQQ9 107 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 Q6ZSV7 163 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 TMEM86BQ8N661 226 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 DYNLRB2Q8TF09 96 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 FAM104AQ969W3 186 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 PTH2Q96A98 100 aa11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 SPANXB1Q9NS25 103 aaPredicted RBP11.67□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 SLC25A29Q8N8R3 303 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 Q9UF83 564 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 H3BMG7 143 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF415Q09FC8 603 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 Q6ZSN1 163 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 C11orf72Q8NBR9 251 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 LINC00467Q9BRT7 94 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 PYGO1Q9Y3Y4 419 aa11.66□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 F8W1H4 67 aa11.65□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF22P17026 224 aaPredicted RBP11.65□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 PGPEP1Q9NXJ5 209 aa11.65□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 VCX2Q9H322 139 aa11.65□□□□□ -0.54
SHQ1-202ENST00000444040 IGHV3-30P01768 117 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 IGHV3-30-5P0DP03 117 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 CFAP126Q5VTH2 177 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 A0A0J9YXV3 536 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 RHODO00212 210 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 LEPROTO15243 131 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 CD28P10747 220 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 LINC01587Q99440 93 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 TNFRSF18Q9Y5U5 241 aa11.64□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 AKAP9Q99996 3911 aa11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 LGALS3P17931 250 aaKnown RBP11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 WFDC2Q14508 124 aa11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 RAX2Q96IS3 184 aa11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 TEX48A0A1B0GUV7 120 aa11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 MRPL16Q9NX20 251 aaKnown RBP11.63□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 WFDC11Q8NEX6 87 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 PRO0461Q9UI25 63 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 RPL24P83731 157 aaKnown RBP11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 BEAN1Q3B7T3 259 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 ODF3L2Q3SX64 289 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 NDUFA11Q86Y39 141 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 NACAE9PAV3 2078 aa11.62□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 APCP25054 2843 aa11.61□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 DNAJC9-AS1A6NH13 148 aa11.61□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 TSPAN13O95857 204 aa11.61□□□□□ -0.55
SHQ1-202ENST00000444040 INSP01308 110 aa11.61□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 61.6 ms