RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000444040.6

SHQ1-202, Transcript of SHQ1, H/ACA ribonucleoprotein assembly factor, humanhuman

TSL 2

Gene SHQ1, Length 2,844 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHQ1-202ENST00000444040 NISCHQ9Y2I1 1504 aa33.88■■■■□ 3.01
SHQ1-202ENST00000444040 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.93■■■□□ 2.22
SHQ1-202ENST00000444040 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP28.64■■■□□ 2.18
SHQ1-202ENST00000444040 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa28.53■■■□□ 2.16
SHQ1-202ENST00000444040 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27.91■■■□□ 2.06
SHQ1-202ENST00000444040 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa27.9■■■□□ 2.06
SHQ1-202ENST00000444040 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.87■■■□□ 2.05
SHQ1-202ENST00000444040 CHIC1Q5VXU3 224 aa27.18■■□□□ 1.94
SHQ1-202ENST00000444040 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.18■■□□□ 1.94
SHQ1-202ENST00000444040 ABCC9O60706 1549 aa26.98■■□□□ 1.91
SHQ1-202ENST00000444040 SCRIBQ14160 1630 aa26.94■■□□□ 1.9
SHQ1-202ENST00000444040 NACADO15069 1562 aa26.77■■□□□ 1.88
SHQ1-202ENST00000444040 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.72■■□□□ 1.87
SHQ1-202ENST00000444040 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.42■■□□□ 1.82
SHQ1-202ENST00000444040 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.38■■□□□ 1.81
SHQ1-202ENST00000444040 MROH2BQ7Z745 1585 aa26.29■■□□□ 1.8
SHQ1-202ENST00000444040 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa26.29■■□□□ 1.8
SHQ1-202ENST00000444040 WIZO95785 1651 aa26.11■■□□□ 1.77
SHQ1-202ENST00000444040 TRIM41Q8WV44 630 aa26.08■■□□□ 1.77
SHQ1-202ENST00000444040 PCGF6Q9BYE7 350 aa26.06■■□□□ 1.76
SHQ1-202ENST00000444040 HRCP23327 699 aa26.04■■□□□ 1.76
SHQ1-202ENST00000444040 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP26.03■■□□□ 1.76
SHQ1-202ENST00000444040 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.9■■□□□ 1.74
SHQ1-202ENST00000444040 SMARCA4P51532 1647 aa25.82■■□□□ 1.72
SHQ1-202ENST00000444040 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.79■■□□□ 1.72
SHQ1-202ENST00000444040 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP25.77■■□□□ 1.72
SHQ1-202ENST00000444040 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP25.76■■□□□ 1.71
SHQ1-202ENST00000444040 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP25.7■■□□□ 1.71
SHQ1-202ENST00000444040 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.64■■□□□ 1.69
SHQ1-202ENST00000444040 CCDC88BA6NC98 1476 aa25.62■■□□□ 1.69
SHQ1-202ENST00000444040 SMARCA2P51531 1590 aa25.61■■□□□ 1.69
SHQ1-202ENST00000444040 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.52■■□□□ 1.68
SHQ1-202ENST00000444040 EHMT2Q96KQ7 1210 aa25.45■■□□□ 1.66
SHQ1-202ENST00000444040 ABCC8Q09428 1581 aa25.44■■□□□ 1.66
SHQ1-202ENST00000444040 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP25.42■■□□□ 1.66
SHQ1-202ENST00000444040 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.41■■□□□ 1.66
SHQ1-202ENST00000444040 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.2■■□□□ 1.62
SHQ1-202ENST00000444040 SOGA1O94964 1423 aa25.19■■□□□ 1.62
SHQ1-202ENST00000444040 EEA1Q15075 1411 aa25.13■■□□□ 1.61
SHQ1-202ENST00000444040 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
SHQ1-202ENST00000444040 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.09■■□□□ 1.61
SHQ1-202ENST00000444040 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP25.08■■□□□ 1.61
SHQ1-202ENST00000444040 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.06■■□□□ 1.6
SHQ1-202ENST00000444040 CSRNP3Q8WYN3 585 aa25.04■■□□□ 1.6
SHQ1-202ENST00000444040 TNIKQ9UKE5 1360 aa25.03■■□□□ 1.6
SHQ1-202ENST00000444040 CEP162Q5TB80 1403 aa25■■□□□ 1.59
SHQ1-202ENST00000444040 SYNJ1O43426 1573 aa24.97■■□□□ 1.59
SHQ1-202ENST00000444040 GOLGA3Q08378 1498 aa24.89■■□□□ 1.58
SHQ1-202ENST00000444040 UBTFP17480 764 aaKnown RBP24.83■■□□□ 1.57
SHQ1-202ENST00000444040 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.78■■□□□ 1.56
SHQ1-202ENST00000444040 KIF21BO75037 1637 aa24.78■■□□□ 1.56
SHQ1-202ENST00000444040 NCAPD3P42695 1498 aa24.78■■□□□ 1.56
SHQ1-202ENST00000444040 HMGXB3Q12766 1538 aa24.76■■□□□ 1.55
SHQ1-202ENST00000444040 TOP2BQ02880 1626 aa24.72■■□□□ 1.55
SHQ1-202ENST00000444040 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa24.64■■□□□ 1.54
SHQ1-202ENST00000444040 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP24.63■■□□□ 1.53
SHQ1-202ENST00000444040 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP24.6■■□□□ 1.53
SHQ1-202ENST00000444040 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.59■■□□□ 1.53
SHQ1-202ENST00000444040 CLIP1P30622 1438 aa24.57■■□□□ 1.52
SHQ1-202ENST00000444040 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP24.56■■□□□ 1.52
SHQ1-202ENST00000444040 CFTRP13569 1480 aa24.52■■□□□ 1.52
SHQ1-202ENST00000444040 CUX1P39880 1505 aa24.49■■□□□ 1.51
SHQ1-202ENST00000444040 VPS8Q8N3P4 1428 aa24.48■■□□□ 1.51
SHQ1-202ENST00000444040 PRXQ9BXM0 1461 aa24.45■■□□□ 1.5
SHQ1-202ENST00000444040 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.43■■□□□ 1.5
SHQ1-202ENST00000444040 KIF27Q86VH2 1401 aa24.33■■□□□ 1.49
SHQ1-202ENST00000444040 PRDM2Q13029 1718 aa24.3■■□□□ 1.48
SHQ1-202ENST00000444040 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP24.27■■□□□ 1.48
SHQ1-202ENST00000444040 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.25■■□□□ 1.47
SHQ1-202ENST00000444040 APLP2Q06481 763 aa24.25■■□□□ 1.47
SHQ1-202ENST00000444040 ARAP1Q96P48 1450 aa24.23■■□□□ 1.47
SHQ1-202ENST00000444040 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.16■■□□□ 1.46
SHQ1-202ENST00000444040 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP24.16■■□□□ 1.46
SHQ1-202ENST00000444040 CUX2O14529 1486 aa24.1■■□□□ 1.45
SHQ1-202ENST00000444040 IGF1RP08069 1367 aa24.09■■□□□ 1.45
SHQ1-202ENST00000444040 FGD5Q6ZNL6 1462 aa24.06■■□□□ 1.44
SHQ1-202ENST00000444040 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa24.06■■□□□ 1.44
SHQ1-202ENST00000444040 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP24.02■■□□□ 1.44
SHQ1-202ENST00000444040 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP24■■□□□ 1.43
SHQ1-202ENST00000444040 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.99■■□□□ 1.43
SHQ1-202ENST00000444040 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa23.96■■□□□ 1.43
SHQ1-202ENST00000444040 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP23.92■■□□□ 1.42
SHQ1-202ENST00000444040 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP23.91■■□□□ 1.42
SHQ1-202ENST00000444040 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.88■■□□□ 1.41
SHQ1-202ENST00000444040 TOPBP1Q92547 1522 aa23.83■■□□□ 1.41
SHQ1-202ENST00000444040 NESP48681 1621 aa23.83■■□□□ 1.41
SHQ1-202ENST00000444040 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.83■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP23.82■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23.81■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.81■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 MAP3K1Q13233 1512 aa23.8■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 CLSPNQ9HAW4 1339 aa23.8■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP23.79■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 CCNB3Q8WWL7 1395 aa23.78■■□□□ 1.4
SHQ1-202ENST00000444040 TIAM1Q13009 1591 aa23.76■■□□□ 1.39
SHQ1-202ENST00000444040 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.72■■□□□ 1.39
SHQ1-202ENST00000444040 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP23.7■■□□□ 1.39
SHQ1-202ENST00000444040 FHAD1B1AJZ9 1412 aa23.69■■□□□ 1.38
SHQ1-202ENST00000444040 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa23.67■■□□□ 1.38
SHQ1-202ENST00000444040 CUL7Q14999 1698 aa23.66■■□□□ 1.38
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