RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	JMY	Q8N9B5	988 aa		29.9	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146	COPRS	Q9NQ92	184 aa		29.9	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146	SASH1	O94885	1247 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC5A1	P13866	664 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146	MTX1	Q13505	466 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CPNE1-223	ENST00000475146		F8W031	263 aa	Predicted RBP	29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	FGFR2	P21802	821 aa		29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	MMP14	P50281	582 aa		29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	DLK2	Q6UY11	383 aa		29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		29.88	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	29.87	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	29.87	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		29.87	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	29.86	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	BCAM	P50895	628 aa		29.86	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		29.86	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	LPIN2	Q92539	896 aa		29.86	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		29.86	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	RASSF10	A6NK89	507 aa		29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	WNT10B	O00744	389 aa		29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP2B3	Q16720	1220 aa		29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	29.85	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	PANK1	Q8TE04	598 aa		29.84	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		29.84	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		29.84	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	VEGFB	P49765	207 aa		29.83	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		29.83	■■■□□ 2.37
CPNE1-223	ENST00000475146	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		29.82	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	DLGAP5	Q15398	846 aa		29.82	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	MS4A1	P11836	297 aa		29.81	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	29.81	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	CDCA5	Q96FF9	252 aa		29.8	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	GRM1	Q13255	1194 aa		29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	CFAP100	Q494V2	611 aa		29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		29.79	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	29.78	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		29.78	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	29.78	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	TFCP2	Q12800	502 aa		29.77	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	29.77	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		29.77	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	29.76	■■■□□ 2.36
CPNE1-223	ENST00000475146	ECE1	P42892	770 aa		29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	CAPNS2	Q96L46	248 aa		29.76	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP8B2	P98198	1209 aa		29.75	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	29.75	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	MYO1B	O43795	1136 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	SPDYE6	P0CI01	402 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	ADORA1	P30542	326 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	HUNK	P57058	714 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	POLA2	Q14181	598 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		29.74	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	29.73	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	29.73	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	GRIK5	Q16478	980 aa		29.73	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		29.73	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		29.73	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1B0GUL7	405 aa		29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	PHKA1	P46020	1223 aa		29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	SSH3	Q8TE77	659 aa		29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		29.72	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	CLRN2	A0PK11	232 aa		29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	TIMM10	P62072	90 aa		29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	COG6	Q9Y2V7	657 aa		29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	29.71	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	CRK	P46108	304 aa		29.7	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	VEZT	Q9HBM0	779 aa		29.7	■■■□□ 2.35
CPNE1-223	ENST00000475146	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		29.69	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC102B	Q68D86	513 aa		29.69	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		29.69	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	29.69	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	AOX1	Q06278	1338 aa		29.69	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	NF2	P35240	595 aa		29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP85	Q6P2H3	762 aa		29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	XAGE2	Q96GT9	111 aa		29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		29.68	■■■□□ 2.34
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		29.68	■■■□□ 2.34

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