RNA–Protein interactions for RNA: YPR094W

RDS3, Transcript of Component of the SF3b subcomplex of the U2 snRNP, yeast

Gene RDS3, Length 324 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RDS3	YPR094W	VPS30	Q02948	557 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	NRG1	Q03125	231 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PKH1	Q03407	766 aa		0.87	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MUS81	Q04149	632 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YLR415C	O13578	112 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SIR3	P06701	978 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	CDC34	P14682	295 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	ATE1	P16639	503 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	CLN2	P20438	545 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SLX1	P38324	304 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SAK1	P38990	1142 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MET10	P39692	1035 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	BDH2	P39713	417 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	BAP3	P41815	604 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	GUS1	P46655	708 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.86	□□□□□ -2.27	not detected
RDS3	YPR094W	CTR1	P49573	406 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MRK1	P50873	501 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SPO20	Q04359	397 aa		0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	ESF1	Q06344	628 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	RFA1	P22336	621 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MBR1	P23493	339 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SEC20	P28791	383 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PPH3	P32345	308 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MGE1	P38523	228 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MUP3	P38734	546 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	ARG2	P40360	574 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PFA3	P42836	336 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YJR107W	P47145	328 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PAN2	P53010	1115 aa	Predicted RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YAP1802	P53309	568 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	STP1	Q00947	519 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	EAF1	Q06337	982 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SLK19	Q08581	821 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	MLH3	Q12083	715 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	HAL9	Q12180	1030 aa		0.85	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PYC1	P11154	1178 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	RPA135	P22138	1203 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YMC1	P32331	307 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SPC29	P33419	253 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YRO2	P38079	344 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	DED81	P38707	554 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SFB3	P38810	929 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	CCT4	P39078	528 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	PZF1	P39933	429 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SSY5	P47002	699 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	TAX4	P47030	604 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	IRC8	P47046	822 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	POL32	P47110	350 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	FHN1	P53279	174 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	TEX1	P53851	422 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	ATG4	P53867	494 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	SEN54	Q02825	467 aa	Predicted RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	FMP30	Q02883	468 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	BUL2	Q03758	920 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	HFD1	Q04458	532 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YDR306C	Q06640	478 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	GPR1	Q12361	961 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	YKL033W-A	Q86ZR7	236 aa		0.84	□□□□□ -2.27
RDS3	YPR094W	RPS9A	O13516	197 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	ADE8	P04161	214 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	STE12	P13574	688 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	NGG1	P32494	702 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	ECM32	P32644	1121 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	PHO11	P35842	467 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SIC1	P38634	284 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	PHO12	P38693	467 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	REV7	P38927	245 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SNF7	P39929	240 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	MAF1	P41910	395 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	MTL1	P53214	551 aa		0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	NEW1	Q08972	1196 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	ADE5,7	P07244	802 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SAT4	P25333	603 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	AGP1	P25376	633 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	FUB1	P25659	250 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SBA1	P28707	216 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	AAR2	P32357	355 aa	Predicted RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	PET112	P33893	541 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SET3	P36124	751 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	VBA5	P36172	582 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	YMC2	P38087	329 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	FMO1	P38866	432 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	LYS9	P38999	446 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	SIT1	P39980	628 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	MIT1	P40002	666 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	TOK1	P40310	691 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	CCT5	P40413	562 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	ULP2	P40537	1034 aa	Predicted RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	PSA1	P41940	361 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	FAA4	P47912	694 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	VPS16	Q03308	798 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	RRP15	Q06511	250 aa	Predicted RBP	0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	YOR022C	Q12204	715 aa		0.82	□□□□□ -2.28
RDS3	YPR094W	ATG11	Q12527	1178 aa		0.82	□□□□□ -2.28

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