RNA–Protein interactions for RNA: YDL064W

UBC9, Transcript of SUMO-conjugating enzyme involved in the Smt3p conjugation pathway, yeast

Gene UBC9, Length 474 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBC9	YDL064W	ATP25	Q03153	612 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YDR514C	Q04408	483 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	RSC3	Q06639	885 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	TPO1	Q07824	586 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	ADR1	P07248	1323 aa		4.96	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	MTC2	P34246	357 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	FPR3	P38911	411 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	DUS4	Q06063	367 aa		4.95	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	RAD18	P10862	487 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	SCT1	P32784	759 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	TSA1	P34760	196 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	HXT16	P47185	567 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	ECL1	P48235	211 aa		4.94	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	SPE1	P08432	466 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	CDC6	P09119	513 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	GAS1	P22146	559 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	GSY1	P23337	708 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	MCD4	P36051	919 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	POA1	P38218	177 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YIL108W	P40483	696 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	ZDS1	P50111	915 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	NOG2	P53742	486 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YNL193W	P53870	558 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YKR011C	Q02209	353 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	CDA2	Q06703	312 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	ADY3	Q07732	790 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YLR001C	Q07895	862 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YOR352W	Q08816	343 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	GPB1	Q08886	897 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YPL277C	Q08989	487 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YGR161W-C	Q3E744	92 aa		4.93	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	RPS9A	O13516	197 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	SRD1	P09007	221 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	AIM3	P38266	947 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	GCN5	Q03330	439 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YDR132C	Q03900	495 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YOR022C	Q12204	715 aa		4.92	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	EMC1	P25574	760 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	CAF16	P43569	289 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YNR029C	P53729	429 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	VPS30	Q02948	557 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	REH1	Q06709	432 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	HAL9	Q12180	1030 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	YBR182C-A	Q8TGU6	64 aa		4.91	□□□□□ -1.62
UBC9	YDL064W	FBP1	P09201	348 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	RNQ1	P25367	405 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PCL2	P25693	308 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	CDC20	P26309	610 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SFP1	P32432	683 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	CRP1	P38845	465 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	MET12	P46151	657 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	ALY2	P47029	1046 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SPT20	P50875	604 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	MET13	P53128	600 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	VPS62	P53285	467 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	YDR338C	Q05497	695 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	HMI1	Q12039	706 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	UPC2	Q12151	913 aa		4.9	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	RPS13	P05756	151 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	HIS5	P07172	385 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	MIH1	P23748	554 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	STE14	P32584	239 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SAP190	P36123	1033 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	RLP7	P40693	322 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.89	□□□□□ -1.63	not detected
UBC9	YDL064W	AIM14	P53109	570 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PBP1	P53297	722 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	YAP6	Q03935	383 aa		4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	ACK1	Q07622	623 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PRC1	P00729	532 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SFL1	P20134	766 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	CHA4	P43634	648 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	AVT1	P47082	602 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	HLJ1	P48353	224 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PUS2	P53167	370 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	RXT3	Q07458	294 aa		4.88	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	DIF1	O13577	133 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	TSR4	P25040	408 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	UBP12	P39538	1254 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	URM1	P40554	99 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SHR5	P41912	237 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SNP1	Q00916	300 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	CRR1	Q05790	422 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	ATG33	Q06485	197 aa		4.87	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	HMG1	P12683	1054 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.86	□□□□□ -1.63	not detected
UBC9	YDL064W	HOG1	P32485	435 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	GRX4	P32642	244 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	TOD6	P34219	525 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	PLB1	P39105	664 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	SDP1	P40479	209 aa		4.86	□□□□□ -1.63
UBC9	YDL064W	UBC9	P50623	157 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 48.8 ms