Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COPB1P53618 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COPB1P53618 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COPB1P53618 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COPB1P53618 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COPB1P53618 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COPB1P53618 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120.3 ms